조정지역 매입임대 아파트 1년내 팔아야 양도세 혜택…서울 6.8만가구 풀리나[2026 세제개편]

임대 의무 끝나도 남았던 중과배제·장특공제 없애
매도 2년 늦추면 양도세 9000만원→3억2000만원
매물 늘어도 대출 규제…매매 문턱 높고 전월세 감소 우려

앞으로 다주택자가 조정대상지역 내 등록임대아파트를 팔고 양도소득세 혜택을 받으려면 의무 임대 기간이 끝난 뒤 '1년 안'에 집을 팔아야 한다. 이미 의무 기간을 채운 사람은 내년 말까지 매도해야 기존 혜택을 받을 수 있다. 정부가 기한 없이 적용하던 양도세 중과 배제와 장기보유특별공제 50%에 매각 시한을 두면서 양도차익이 큰 서울 아파트 매물을 시장에 유도하겠다는 의도다.

서울 남산에서 바라본 서울시내 아파트. 연합뉴스

임대 종료 후 1년…촘촘해진 '매도 타이머'

3일 재정경제부가 발표한 2026년 세제개편안에 따르면 조정대상지역 소재 매입임대 아파트에 대한 양도세 중과배제와 장기보유특별공제(개정안 장기거주소득공제) 우대(50%) 제도가 단계적으로 폐지된다.

정부는 다주택자들의 매도를 압박하기 위해 '투트랙' 데드라인을 설정했다. 우선 현재 집을 팔 수 있는 일반 사업자는 2027년 12월 31일까지 양도해야 기존 혜택을 모두 받을 수 있다. 2028년에 양도할 경우 혜택은 반토막(2분의1 중과, 장특공제 30%로 축소)난다. 2029년부터는 중과세율을 전부 적용하고 등록임대주택 장특공제 우대도 없앤다. 개편안은 2026년 10월 1일부터 시행된다.

2027년 1월 1일 기준 의무임대 중인 사업자에게는 별도 시한을 적용한다. 의무임대가 끝난 뒤 1년 안에 팔면 중과 배제와 장특공제 50%를 유지한다. 종료 후 1~2년 사이에 양도하면 중과세율 절반과 장특공제 30%를 적용하고 2년이 지나면 혜택을 모두 없앤다.

예를 들어 집을 4채 보유한 다주택자가 2018년 6억원에 산 조정대상지역 등록임대 아파트를 의무 임대 기간이 끝난 뒤 11억원에 판다고 가정하면 양도차익은 5억원이다. 2027년 말까지 팔면 기존 세제 혜택을 모두 받아 양도소득세가 9000만원이다. 2028년에 팔면 혜택이 줄어 1억7000만원으로 오르고, 2029년에는 혜택이 사라져 3억2000만원을 내야 한다. 같은 집을 같은 가격에 팔더라도 매도 시점이 2년 늦어지면 양도소득세가 2억3000만원 늘어난다.

매입임대 아파트는 개인이나 법인이 아파트를 사서 임대주택으로 등록한 주택이다. 2020년 제도 폐지 전 등록한 장기일반민간임대 아파트는 집주인이 통상 8년간 임대용으로 유지하고 임대료 인상률을 연 5% 이내로 제한하는 대신 세금 혜택을 받았다.

의무임대 기간이 끝나면 등록은 자동 말소됐다. 이때부터 재산세 감면과 종합부동산세 합산배제 등 보유 단계 혜택은 사라졌지만 해당 임대주택을 팔 때 받는 양도세 혜택에는 별도 시한이 없었다. 집주인이 자동 말소된 아파트를 계속 보유하다 수년 뒤 팔아도 중과를 피하고 임대기간 발생 양도차익에 장특공제 50%를 적용받을 수 있었다. 또 자동말소 이후 임대료 연 5% 증액 제한을 지키지 않더라도 중과배제와 장특공제 50% 우대는 유지됐다. 등록 당시의 임대 의무를 더는 지지 않으면서 세금 혜택만 남는 상태가 6년째 이어져 온 셈이다.

조정대상지역 주택을 파는 2주택자는 기본세율에 10%포인트, 3주택 이상 보유자는 15%포인트가 추가되는데, 등록임대주택에는 이 추가세율을 적용하지 않았다. 장특공제 50%는 임대 기간에 발생한 양도차익 절반을 과세 대상에서 빼주는 혜택이다. 집값이 크게 오른 서울 아파트는 기존 혜택 폐지에 따른 세금 차이가 커 매각을 앞당길 유인이 크다. 정부는 서울에서 약 6만8000가구가 매매시장에 나오는 공급 효과를 낼 수 있을 것으로 보고 있다.

조정대상지역에서 집을 갈아타는 '일시적 2주택자'의 종전 주택 처분 시한도 3년에서 2년으로 줄어든다. 조정대상지역에 집을 가진 사람이 같은 조정대상지역에서 새집을 사면 2년 안에 기존 집을 팔아야 양도세와 종부세에서 1세대1주택 특례를 받을 수 있다.

이와 별도로 과거 기한 없이 양도세 감면 혜택을 주던 임대주택과 미분양주택에도 매도 시한이 신설됐다. 수도권 아파트는 2029년 말, 그 외 지역은 2031년 말까지 처분해야만 과세특례를 받는다.

서울에만 6.8만가구 공급 전망…현금 부자들만 줍줍?

다만 다주택자가 세 부담을 피하기 위해 매물을 내놓더라도 무주택 서민들의 혜택으로 이어질지는 미지수다. 강력한 대출 규제로 이를 매수할 수 있는 수요는 현금 여력이 있는 자산가로 제한될 가능성이 크다. 이에 따라 매물이 무주택자의 내 집 마련으로 이어지기보다는 자산가 간 거래로 흡수될 경우 자산 양극화가 심화할 수 있다는 우려도 제기된다.

임대 시장 불안도 불가피하다. 단기적으로는 매물이 늘어 집값 상승세를 누를 수 있지만 임대주택이 실거주자에게 팔리면 전·월세 물량이 감소할 가능성도 있다. 세입자가 있는 주택은 매매되더라도 임대차계약이 유지되기 때문에 실수요자가 곧바로 입주할 수 있는 물량과도 차이가 있다.

임대사업자 반발도 예상된다. 임대사업자들은 이미 의무를 다한 주택에 사후 기준을 적용한다며 정책 신뢰가 훼손됐다고 주장할 수 있다. 다만 개편 뒤 이뤄지는 양도부터 적용하고 유예기간도 두고 있어 헌법상 금지되는 소급입법이나 재산권 침해로 단정하기는 어렵다.

최서윤 기자 sychoi@asiae.co.kr