[단독] 14년간 유지 ‘농협 전산용역 부가세 면제’ 이번엔 종료되나

연말 일몰 연장 없이 종료 원점 검토
과세 형평성·정책 효과 등 다시 따져
농협은 지역 농·축협 부담 확산 우려

정부가 올해 말 일몰을 맞는 ‘농협 전산용역 부가가치세 면제 특례’를 연장 없이 종료하는 방안을 열어두고 원점에서 검토하고 있다. 농업인에게 직접 돌아가는 세제지원과 달리 농협 조직에 적용되는 면세 혜택인 만큼 과세 형평성과 정책 효과를 다시 따져본다는 취지다. 농협은 세 부담이 지역 농·축협으로 번질 수 있다고 우려하고 있어 향후 공방이 예상된다.

23일 관계부처와 농협 등에 따르면 재정경제부는 세제개편안 발표를 앞두고 올해 일몰이 도래하는 농협 전산용역 부가세 면제 등을 심사 중이다. 재경부는 농협과 농림축산식품부로부터 연장 필요성에 관한 의견을 전달받고 제도의 실효성과 과세 형평성 등을 검토하고 있다.

농협 전산용역 부가세는 농협 계열사끼리 금융·회계·보안 등 공통 전산시스템을 운영하는 이용료에 붙는 세금이다. 현재는 특례에 따라 농협중앙회와 농협은행이 각 자회사와 계열사에 전산용역을 제공할 때 부가가치세를 매기지 않는다. 지난해 기준 연간 감면액은 65억원으로 추산된다.

이 특례는 2012년 농협중앙회의 사업구조 개편에 따른 세 부담을 덜어주기 위해 도입됐다. 당시 중앙회 사업이 금융지주와 경제지주 등으로 분리되면서 하나의 조직 안에서 이뤄지던 전산서비스가 법인 간 거래로 바뀌어 부가세가 새로 발생했기 때문이다. 특례는 일몰이 반복 연장되면서 14년간 유지됐다.

정부는 사업구조 개편과 전산 분리가 끝난 지 10년 이상 지난 만큼 특례를 계속 유지할 필요가 있는지 따져보고 있다. 원칙대로면 자회사와 계열사는 별도 법인이라 전산용역을 주고받을 때 부가세를 내야 한다. 농협 사업구조 개편 당시 정부가 세 부담을 늘리지 않겠다고 약속하면서 예외를 인정해준 것인데, 이 예외가 계속 이어져야 하는지는 별개 문제라는 지적이 나온다.

올해 재경부의 조세지출 정비 기준이 예년보다 엄격해진 데다 감면 규모도 작아 특례 종료 가능성에 무게가 실리는 분위기다. 정부 관계자는 “감면액이 크지 않지만 과세 형평성을 해치면서까지 지원할 효과가 있는지 검토하고 있다”고 말했다. 또 다른 정부 관계자는 “감면액이 비교적 작은 점은 오히려 폐지에 따른 충격이 제한적이라는 판단으로 이어질 수 있다”고 말했다.

농협은 정부 주도의 사업구조 개편으로 없던 비용이 발생한 만큼 면세 혜택이 유지돼야 한다는 입장이다. 전산망을 함께 사용하는 지역 농·축협에도 부담이 전가될 수 있다고 주장했다. 농협 관계자는 “세 부담이 농·축협으로 옮겨가면 농촌 지역 조합의 부담도 커질 수 있다”고 말했다. 다만 65억원의 감면 혜택 중 얼마만큼이 농업인에게 돌아가는지는 수치로 산정하기 어렵다.

정부안에 특례 연장안이 담기지 않더라도 국회 심사 과정에서 되살아날 가능성은 있다. 앞서 박성훈 의원, 신성범 의원 등은 농협 전산용역 부가세 면제의 일몰을 연장하는 내용의 조세특례제한법 개정안을 각각 대표 발의했다.

세종=이누리 기자 nuri@kmib.co.kr