[칼럼] 설립보다 사후관리가 중요한 기업부설연구소

기업부설연구소 설립, 중소기업에게 주는 혜택 커
벤처기업 인증 받는 것도 중소기업에게 도움

기업부설연구소 설립 제도는 기업 내 독립된 연구개발 전담조직을 신고 및 인정함으로써 연구개발 활동에 따른 다양한 지원 혜택을 부여하는 제도이다. 즉, 기업이 일정 요건을 갖춰 연구조직을 설립 및 신고하면, 독립된 연구조직에서 이뤄지는 R&D 활동에 대한 인센티브를 지원하는 제도를 말한다. 1981년 도입된 이후 연구개발전담부서 3만3천여 개, 기업부설연구소 4만5천여개 등 약 7만8천여 개의 기업부설연구소가 운영 중이다.

이 제도는 중소기업에 대한 혜택이 크기 때문에 정부지원사업을 검토 중이라면, 가장 먼저 고려해봐야 한다. 연구소 설립 인정을 받게 되면, 기업이 연구개발 또는 인력개발을 위해 사용한 비용에 대한 법인세가 일정 비율만큼 공제된다. 뿐만 아니라 세액공제 적용범위가 넓기 때문에 법인세 절감에 큰 도움이 된다. 중소기업의 경우 최대 50%까지 공제가 적용된다는 점에 주목해야 한다. 또한 연구소용으로 취득한 부동산에 대한 취득세 및 재산세 감면, 연구개발 출연금에 대한 과세특례, 수입 물품에 대한 관세 감면 등 다양한 조세혜택이 제공된다.

특히 내년부터는 조세혜택이 더욱 확대될 것으로 전망된다. 최근 발표된 ‘2022 지방세입 관계법률 개정안’에 따르면, 올해 일몰 예정인 연구소용 부동산에 대한 취득세, 재산세 감면 혜택을 3년 연장하며, 신성장 및 원천기술 연구소에 대한 추가 감면율을 현행 10%에서 15%로 확대하는 내용의 법안이 포함됐다.

또한 미취업 청년을 고용하는 경우에는 인건비의 절반을 최대 1년까지 지원받을 수 있고, 연구원의 부재를 방지하는 병역 혜택도 주어진다. 아울러 창업 후 3년 이내에 벤처기업 인증을 받을 경우 5년 동안 법인세 50%를 감면받을 수 있다.

기업부설연구소와 함께 활용하면 좋은 것은 벤처기업 인증이다. 국가 연구개발 사업의 참여 지원, 기술신용보증 특례제도 자금지원, 중소기업 판정 시 특별조치 등 정부 지원을 적극적으로 활용할 수 있어 금상첨화다.

그렇다면, 기업은 어떤 요건을 충족시켜야 할까? 먼저 R&D 활동을 수행할 연구인력을 확보해야 한다. 연구전담부서라면 연구전담요원 1인으로도 설립이 가능하지만, 기업 규모와 업종에 따라 연구인력의 자격요건이 다르다. 기업 규모로 보면, 2인에서 10인 이상을 필요로 한다. 소기업은 3인 이상 필요하지만, 창업 3년 이내의 경우 2인으로도 설립이 가능하다.

사방이 벽면으로 막혀있고 출입문이 있는 R&D 활동 수행이 가능한 연구 공간도 필요하다. 하지만 과학기술 분야 및 서비스 분야 중소기업에 해당한다면, 다른 부서와 칸막이로 구분하는 것 만으로도 연구 공간으로 인정받을 수 있다. 다만, 일부 예외대상이 있기 때문에 자세한 요건을 검토해 볼 필요가 있다.

인적 요건과 연구 공간을 충족했다면, 구비 서류를 작성해 신고하는 것으로 신청이 마무리되고 심사를 통해 인정서가 발급된다. 기업부설연구소 설립 인가가 나왔다면, 사후관리에 신경 써야한다. 이 제도는 혜택이 많은 만큼 사후관리가 까다로운 편이다. 한국산업기술진흥협회는 정기적으로 기업부설연구소에 대한 사후관리를 하고 있으며, 관리가 미흡한 기업에 대해서는 인정을 취소하고 있다.

따라서 대표자 또는 상호가 변경될 경우, 업종에 변화나 매출액 또는 자본금에 변화가 있을 경우, 본점이 기업부설연구소 설립 당시와 달라졌을 경우, 자본금에 변화가 있는 경우, 연구 분야가 변경될 경우, 기업부설연구소 공간 면적이 달라졌을 경우, 연구원의 이직 등이 포함된 직원현황이 변경될 경우 등의 상황이면 반드시 변경신고를 해야 한다.

장기간 변경신고를 하지 않거나 연구개발 활동이 없는 경우, 수행능력이 부족하다고 판단되는 경우, 관련 법규를 위반하는 경우 등에 해당하면 연구소 설립이 취소되고 그동안 공제 및 감면 받은 세금을 추징당할 수 있다. 허위 또는 부정한 방법으로 신고한 경우에도 1년 동안 신규 설립이 불가능한 것 등 고려해야 할 사항도 있기 때문에 설립 계획 단계부터 전문가의 도움을 받는 것이 효과적이다.

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[글 작성] 권영준, 이선희 / 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가

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