후계자 없는 中企, 제3자에 넘겨도 세금 깎아준다

[2026년 세제개편안]'친족 간 상속' 틀 깬다

20년 이상 경영한 60세 이상 최대주주, 제3자에 사업 넘기면 양도세 20% 감면
인수기업도 5년간 소득·법인세 10% 감면…장수기업 폐업 막고 기술·인력 승계
지방 청년 중소기업 취업자는 최대 10년간 소득세 90% 감면…벤처투자 비과세는 상시화
비수도권 창업기업 법인·소득세 최대 100% 감면…'피터팬 증후군' 막을 점감제도 도입

노용석 중소벤처기업부 제1차관. 박종민 기자

정부가 친족 후계자가 없는 중소·중견기업을 제3자가 인수해 사업을 이어갈 경우 매도자의 양도소득세를 20% 깎아주고, 인수기업에는 5년간 소득·법인세를 10% 감면하는 '제3자 사업승계' 세제지원 제도를 새로 만든다.

기업 규모가 커져 중소기업에서 졸업하더라도 세제혜택을 단번에 없애지 않고 3년에 걸쳐 단계적으로 줄여주는 제도도 도입한다. 지방 중소기업에 취업한 청년은 지역에 따라 최대 10년간 근로소득세의 90%를 감면받을 수 있게 된다.

중소벤처기업부는 7일 이 같은 내용을 포함한 '2026년 세제개편안' 내 중소·벤처기업 관련 주요 개편 내용을 공개했다. 이번 개편은 크게 창업·벤처기업의 성장동력 확충과 중소기업의 지속성장·지역 균형발전에 초점을 맞췄다.

가족 아니어도 '사업승계' 세제혜택…양도세 20% 감면

가장 눈에 띄는 것은 '제3자 사업승계 과세특례' 신설이다. '친족 간 상속'에만 갇혀 있던 가업상속공제의 틀이 깨지는 것이다.

정부는 기존의 가족 내 상속·증여 방식만으로는 경영자 고령화와 후계자 부재에 대응하기 어렵다는 판단에 따라, 인수합병(M&A) 등을 통해 제3자가 기업을 이어받는 경우에도 세제혜택을 주기로 했다.

지원 대상이 되려면 매도자는 60세 이상이면서 해당 기업을 20년 이상 계속 경영한 최대주주 또는 최대출자자여야 한다. 이 사람이 보유한 주식·출자지분이나 사업용 자산을 일정 비율 이상 넘길 경우 양도소득세를 20% 감면한다.

사업을 넘겨받는 매수자에게도 요건이 붙는다. 피승계기업과 같은 업종의 기업을 10년 이상 계속 경영한 개인 또는 기업이거나, 피승계기업에서 5년 이상 근속한 임직원이어야 한다. 동종 업종 여부는 한국표준산업분류상 대분류를 기준으로 하되 구체적인 예외는 대통령령에서 정할 예정이다.

승계 이후 기업에도 혜택을 준다. 승계받은 기업·사업에서 발생하는 소득에 대해 5년간 소득세 또는 법인세를 10% 감면한다.

정부는 친족 후계자를 구하지 못한 우량 중소기업이 폐업하는 대신 외부 기업이나 내부 임직원에게 사업을 넘길 수 있도록 해 기존 인력과 기술, 노하우가 사라지는 것을 막겠다는 구상이다.

중소기업 커졌다고 세제혜택 '뚝'?…피터팬증후군 없앤다

기업이 성장해 중소기업 기준을 벗어났을 때 세제혜택이 한꺼번에 사라지는 이른바 '피터팬 증후군'을 줄이기 위한 장치도 도입한다.

현행 제도에서도 중소기업을 졸업하면 5년, 상장기업은 7년간 중소기업으로 간주하는 유예기간이 있다. 하지만 이 기간이 끝나면 각종 세제지원이 급격하게 줄어 기업이 매출이나 고용 확대를 꺼리는 요인으로 작용한다는 지적이 제기돼 왔다.

정부는 앞으로 유예기간이 끝난 뒤에도 다시 3년 동안 '점감(漸減)구조'를 적용하기로 했다. 중소기업 특별세액감면의 경우 중기업 감면율의 50%를 추가로 3년간 적용한다.

예컨대 지방 소재 제조업 등 46개 업종의 중기업은 현재 15%의 감면율을 적용받는데, 중소기업 졸업 유예기간이 끝난 뒤에도 3년간 7.5%의 감면율을 적용받는다. 지방의 도·소매업과 의료기관 운영업은 기존 중기업 감면율 5%의 절반인 2.5%가 적용된다.

수도권의 일반서적 출판업 등도 유예기간 종료 이후 3년간 기존 중기업 감면율 10%의 절반인 5%를 적용한다.

영상·웹툰 콘텐츠 제작기업 역시 중소기업 졸업 유예기간 종료 뒤 3년 동안 소득·법인세 공제율 12.5%를 적용하기로 했다.

지방 창업·투자 더 깎아준다…지방 中企 간 청년도 세금 차등

지역 중소기업의 인력난을 완화하기 위해 중소기업 취업자의 근로소득세 감면 혜택도 사업장이 어디에 있느냐에 따라 차등화한다.

현재 청년이 중소기업에 취업할 경우 5년간 근로소득세의 90%를 감면받는데, 수도권은 현행과 같지만 비수도권은 지역에 따라 기간이 더 길어진다.

비수도권 광역시 등에서는 6년간 90%, 기타 비수도권에서는 7년간 90%, 지방우대 수준이 가장 높은 지역에서는 10년간 90%까지 근로소득세를 감면한다.

60세 이상 고령자와 장애인, 경력단절자 등도 현재는 지역에 관계없이 3년간 70%를 감면받지만 앞으로 비수도권 광역시 등은 3년간 75%, 기타 비수도권은 80%, 기타 비수도권 우대지역은 90%로 감면율이 높아진다.

이 제도의 적용기한도 2029년 말까지 3년 연장한다. 정부는 서울과의 거리, 인구와 경제·사회 여건 등을 반영해 지방 내에서도 지원 수준을 달리함으로써 인력이 부족한 지역으로 취업을 유도한다는 방침이다.

창업기업에 대한 소득세·법인세 감면 체계도 지방 우대 방식으로 전면 재설계한다.

일반 중소기업은 수도권 과밀지역에서는 감면혜택이 없고 수도권 일반지역은 25%가 적용된다. 비수도권에서는 지역에 따라 감면율이 50%, 60%, 70%로 높아진다.

벤처기업과 에너지신기술기업, 정부의 '점프업' 프로그램에 선정된 중소기업은 수도권 과밀지역 50%에서 시작해 지역에 따라 최대 80%까지 감면받는다.

특히 청년이 신산업 분야에서 창업하는 경우 지원폭이 크다. 수도권에서는 60%, 비수도권 광역시 등에서는 85%, 기타 비수도권에서는 최대 100%까지 소득세·법인세를 감면한다.

벤처기업에 대한 투자 세제도 '스케일업' 단계까지 지원하도록 개편한다. 세제혜택을 받을 수 있는 피투자기업의 업력을 '10년 이내'로 확대하고, 2028년 말 종료될 예정이던 벤처투자 관련 주식 양도차익 비과세 특례는 아예 일몰기한을 없애 상시 제도화한다.

지방 벤처기업 투자에는 추가 인센티브가 붙는다. 일반 내국법인이 인구감소지역이나 인구감소관심지역에 있는 벤처기업 등에 직접 출자할 경우 법인세 세액공제율을 현행 취득가액의 5%에서 7%로 높인다. 인구감소지역이라면 수도권에 있더라도 혜택 대상에 포함된다.  

"성장사다리 구축에 중점…온기 확산으로 모두가 성장"

중소기업의 안전투자에 대한 가속상각 특례도 신설한다.

중소기업이 안전 관련 사업용 유형자산에 투자하면 기준내용연수의 50% 범위에서 신고내용연수를 적용할 수 있다. 예컨대 통상적인 감가상각 기간보다 빠르게 비용을 반영할 수 있어 투자 초기 법인세 부담과 현금흐름 부담을 낮추는 효과가 있다.

정부는 이번 개편을 통해 창업 단계에서는 지방·신산업 기업의 세 부담을 낮추고, 성장 단계에서는 벤처투자와 중소기업 졸업에 따른 부담을 완화한 뒤, 경영자 고령화 단계에서는 제3자 사업승계까지 지원하는 방식으로 중소기업의 '성장사다리'를 보완한다는 구상이다.

이번 세제개편안은 이달 중순까지 입법예고를 거쳐 다음 달 초 정기국회에 제출될 예정이다.

중기부 노용석 1차관은 "중소기업의 경영부담을 완화하고 창업·벤처기업의 혁신성장을 확충하는 한편 중소기업이 성장 이후에도 지속적으로 도약할 수 있는 성장사다리를 구축하는 데 중점을 두었다"며 "중소·벤처 성장사다리 구축과 성장의 온기 확산으로 모두가 성장하는 대체 불가 대한민국을 구현하기 위해 최선을 다할 것"이라고 밝혔다.

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CBS노컷뉴스 서민선 기자 sms@cbs.co.kr

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