양도세·종부세 등 시행령 4건 국무회의 의결…8월 세제개편 후속
임대사업자 거주주택 특례 유지…지방 미분양 세제지원 1년 연장
10월부터 조정대상지역에서 집을 갈아타며 일시적으로 2주택자가 된 경우 양도소득세와 종합부동산세의 1세대 1주택 특례기간이 3년에서 2년으로 줄어든다. 조정대상지역 매입임대 아파트의 양도세 중과 배제 혜택에도 기한이 생긴다. 반면 임대사업자가 실제 거주하는 주택에 대한 양도세 특례는 임대주택 등록말소일부터 5년간 유지된다.
정부는 29일 제42회 국무회의에서 이런 내용을 담은 소득세법·법인세법·종합부동산세법·상속세 및 증여세법 시행령 개정안을 심의·의결했다. 8월 3일 발표한 ‘2026년 세제개편안’의 후속 조치로, 10월 1일 공포·시행할 예정이다.
우선 조정대상지역에 주택을 보유한 사람이 조정대상지역 내 다른 주택을 새로 취득해 일시적 2주택자가 되면 양도세·종부세의 1세대 1주택 특례기간이 3년에서 2년으로 단축된다. 양도세는 양도가액 12억원 이하분 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제, 종부세는 기본공제 12억원과 고령자·장기보유 세액공제 등이 해당한다.
양도세의 경우 8월 4일 이후 신규 주택을 취득하고 10월 1일 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 적용한다. 8월 3일까지 신규 주택을 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급했다면 종전 규정을 적용한다.
조정대상지역 매입임대 아파트의 양도세 중과 배제와 법인세 추가 과세 배제에도 적용기한을 둔다. 현재는 요건을 충족한 매입임대주택이 등록말소된 뒤에도 해당 특례가 기한 없이 적용되지만, 앞으로는 원칙적으로 2027년 12월 31일까지 양도해야 혜택을 받을 수 있다.
의무임대기간이 남아 있거나 재건축·재개발이 진행 중인 경우에는 별도 기한을 적용한다. 2027년 1월 1일 기준 의무임대기간이 끝나지 않았다면 의무임대기간 종료일인 등록말소일부터 1년까지 특례를 적용한다. 중과 배제 기한 안에 재개발 관리처분계획 인가나 재건축 조합설립 인가를 받았다면 이전고시일부터 1년까지 적용하며, 기한이 중복되면 늦은 날을 기준으로 한다.
대상은 조정대상지역의 장기일반·단기 매입임대 아파트다. 조정대상지역 내 비아파트, 조정대상지역 밖 아파트, 건설임대·공공지원 임대주택은 기존 특례를 유지한다.
임대사업자의 거주주택에 대한 양도세 특례도 유지된다. 정부는 입법예고 과정에서 제기된 의견 등을 고려해 조정대상지역 매입임대 아파트를 보유한 임대사업자가 거주주택을 양도할 때 적용하는 1세대 1주택 특례를 현재처럼 임대주택 등록말소일부터 5년간 적용하기로 했다.
상생임대주택의 거주요건 면제 특례는 올해 말 예정대로 종료한다. 임대료 인상률을 5% 이내로 제한해 2년간 임대한 주택에 주어지는 혜택으로, 앞으로는 상생임대 종료 후 1년 이내에 양도한 주택에 한해 거주요건을 면제한다. 적용은 최대 2029년 12월 31일까지다. 올해 말까지 상생임대차계약에 따른 임대기간이 종료된 경우에는 2027년 12월 31일까지 양도하면 적용받을 수 있다.
비수도권 준공 후 미분양 주택의 세제지원은 1년 연장한다. 종부세·양도세 계산 때 주택 수에서 제외하는 특례와 기업구조조정 부동산투자회사가 취득한 주택에 대한 종부세 합산 배제·법인세 추가 과세 배제의 취득기한을 2027년 말까지 늘린다.
한미전략투자공사에 설치된 한미전략투자기금은 증여세 비과세 단체에 추가한다. 이에 따라 해당 기금에 출연하는 금액에는 증여세를 부과하지 않는다.