배틀크러쉬엔 총 세 가지 조작 모드가 존재한다. 먼저, 자동 조준 모드는 튜토리얼을 진행할 때 기본적으로 설정되어 있는 모드로 기본적으로 초보자 유저에게 추천되는 조준 모드다. 왼쪽 마우스 버튼은 약공격, 오른쪽 마우스 버튼은 강공격이며, 궁극기(R키)와 특수기(C키), 회피/방어(스페이스 바)가 할당되어 있다. 만약 수동으로 조준하고 싶을 경우, 왼쪽 쉬프트 키를 통해 조준 모드 변경이 가능하다.

다음으로 '수동 조준 모드'는 앞선 '자동 조준 모드'에서 자동 타겟팅이 풀린 상태가 기본으로 적용된다. 마우스 위치를 기준으로 약공격/강공격을 사용할 수 있다. 추가로 자동 약공격(E)/강공격(Q)/궁극기(Z)의 경우, 근처에 적이 있을 때 자동으로 타겟팅 및 공격을 하는 키로 난전이 벌어진 상황에서 유용하게 사용할 수 있다.

추가로 왼쪽 쉬프트 키를 꾹 누른 상태로 스킬이나 공격을 사용하면, 자동 조준된 상태로 공격이 가능하다. 어느 정도 배틀크러쉬에 익숙해진 유저에게 추천되는 조준 모드다.

마지막으로 '포인트&고' 모드는 MOBA 장르에 익숙한 유저에게 추천되는 모드다. 마우스 오른쪽 버튼으로 이동이 가능하며, 약공격은 왼쪽 마우스 버튼, 강공격은 Q키로 쓸 수 있다. 자동 약공격(E)/강공격(D)/궁극기(X)로 할당되어 있다. S키를 이용해 스탑 무빙을 하거나, 보다 정교한 타겟팅이 가능한 만큼 앞선 자동/수동 조준 모드 보다 플레이 난도가 높은 편이다.