1주택자도 영향권… 장기보유특별공제 폐지 논의, 무엇이 달라지나 [한경부동산밸류업센터]

[이슈 체크]
2027년 시행 시 세 부담 구조 변화 가능성
매도 시점에 따라 수억 원 세금 차이 발생할 수도

안녕하세요. 여러분의 부동산 주치의 배준형 수석전문위원입니다.

최근 국회에서 논의가 시작된 세법 개정안 하나가 부동산 시장의 주요 변수로 떠오르고 있습니다. 많은 1주택자가 “나와는 무관한 이야기”라고 생각하기 쉽지만, 실제로는 향후 매도 전략과 세 부담에 상당한 영향을 미칠 수 있는 사안입니다.

바로 양도소득세 장기보유특별공제(이하 장특공) 제도 개편 논의입니다. 현재 국회 입법 절차가 진행 중인 만큼 최종 확정된 사안은 아니지만, 법안이 통과될 경우 수억 원 규모의 세금 차이가 발생할 가능성이 있어 시장의 관심이 집중되고 있습니다.

국회에 발의된 장특공 개편안… 무엇이 달라지나

2026년 4월 8일, 국회에서는 장기보유특별공제 제도 개편을 핵심 내용으로 하는 소득세법 일부개정법률안이 발의됐습니다.

개정안의 핵심은 다음과 같습니다.
• 현행 소득세법 제95조(장기보유특별공제) 삭제 
• 신규 조항 제90조의2(장기보유세액공제) 신설 
• 공제 구조를 ‘비율 공제’에서 ‘정액 세액공제’ 방식으로 전환 

발의 취지로는 고가주택 보유자에게 집중된 세제 혜택을 조정하고 과세 형평성을 높이겠다는 점이 제시됐습니다.

현행 제도, 왜 1주택자에게 유리했나

현재 세법상 1세대 1주택자는 양도가액 12억 원 이하일 경우 양도소득세가 비과세됩니다.
따라서 장특공 논의의 실질적인 영향 대상은 12억 원을 초과하는 고가주택 보유 1주택자입니다.

예를 들어 보겠습니다.
• 양도가액: 20억 원 
• 취득가액: 10억 원 
• 전체 양도차익: 10억 원 

고가주택 과세 방식에 따라 과세 대상 양도차익은 다음과 같이 계산됩니다.
10억 원 × (20억 원 – 12억 원) ÷ 20억 원 = 4억 원

즉 실제 차익은 10억 원이지만, 세법상 과세 계산은 4억 원을 기준으로 시작됩니다.

여기에 보유·거주 기간에 따라 최대 80% 장기보유특별공제가 적용되면서 실질 과세 금액은 크게 줄어드는 구조였습니다.

(자료=밸류업이노베이션)

개정안 핵심 변화 3가지

① 장기보유특별공제 폐지
보유기간과 거주기간에 따라 공제율을 적용하던 기존 체계가 사라집니다.
즉 ‘오래 보유할수록 세금이 줄어드는 구조’가 근본적으로 변경됩니다.

② 생애 1회, 최대 2억 원 세액공제로 전환
새롭게 신설되는 제도에서는 일정 기간 이상 보유한 부동산을 양도할 경우 산출세액에서 최대 2억 원을 공제받을 수 있습니다.

다만 이 혜택은 평생 한 번만 적용됩니다.
반복적인 갈아타기를 통한 장특공 활용 구조를 제한하려는 취지로 해석됩니다.

③ 잔여 공제액 이월 적용
공제 한도 2억 원을 한 번에 모두 활용하지 못할 경우, 남은 금액을 이후 양도 시점에 적용할 수 있도록 하는 장치도 포함됐습니다.

(AI 생성 이미지)

시행 시점과 경과조치, 왜 중요한가

개정안 부칙에 따르면 시행 예정 시점은 2027년 1월 1일입니다.

특히 주목해야 할 부분은 경과조치입니다.
• 2026년 12월 31일 이전 양도 완료 → 현행 장특공 적용 
• 2027년 이후 양도 → 새 세액공제 제도 적용 

즉 법안이 통과될 경우, 매도 시점에 따라 세 부담이 크게 달라질 수 있습니다.
실무에서는 이미 매도 일정 재검토 문의가 늘어나는 분위기가 감지됩니다.

시장에서 제기되는 찬반 논리

반대 의견
• 주택은 투자자산이 아닌 생활 기반이라는 점 
• 보유세 강화 이후 추가 세 부담 확대 우려 
• 장기 거주 고령 1주택자에게 부담 집중 가능성 
• 매물 잠김 현상 심화 가능성 

찬성 의견
• 고가주택 중심의 세제 혜택 조정 필요성 
• 주택 수 중심 과세에서 자산가치 중심 과세로 전환 필요 
• 조세 형평성 개선 

현재로서는 입법 논의가 진행 중이며, 최종 제도 형태는 향후 국회 심의 과정에서 조정될 가능성이 있습니다.

1주택자가 지금 점검해야 할 사항

이번 논의는 특정 투자자만의 문제가 아닙니다. 특히 다음 대상자는 사전 점검이 필요합니다.

① 양도가액 12억 원 초과 주택 보유자
현행 장특공 수혜 폭이 큰 만큼 제도 변경 영향이 직접적입니다.

② 향후 3년 내 매도 또는 갈아타기 예정자
매도 시점에 따라 세금 규모가 크게 달라질 수 있습니다.

③ 재건축·재개발 조합원입주권 보유자
개정안 적용 범위에 포함될 가능성이 있어 세무 검토가 필요합니다.

④ 증여·상속 전략을 검토 중인 가구
양도 대신 자산 이전 전략 변화가 발생할 수 있습니다.

정책은 ‘확정’이 아닌 ‘진행 중’이다

현재 해당 법안은 발의 단계이며, 상임위원회 심사 → 법제사법위원회 → 본회의 의결이라는 절차가 남아 있습니다.

다만 세법 개편은 시장 심리에 선반영되는 경우가 많습니다.
따라서 “나는 1주택자라 영향이 없을 것”이라는 인식보다는, 예상 세액을 미리 점검하고 대응 전략을 검토하는 접근이 필요합니다.

세법은 변화 속도가 빠릅니다.
결국 정보를 먼저 이해한 사람이 선택의 폭을 넓힐 수 있습니다.

배준형 수석전문위원(밸류업이노베이션 대표)

* 본 기고문은 작성자의 의견입니다.