[단독]‘비거주 1주택’ 6억 사서 12억에 팔면…양도세 서울은 1.6억 vs 지방은 0원

서울 아파트 단지의 모습. 2026.09.29 뉴시스

정부가 세제 개편안을 통해 비거주 1주택자 세금 강화를 추진하는 가운데, 주택 가격과 지역에 따라 세금 부담이 크게 달라지는 것으로 나타났다. 부동산 시장 상황에 따라 정부가 개편을 반복하다 보니 과세 기준이 지나치게 복잡해졌다는 지적이 나온다.

국민의힘 박수영 의원이 14일 국회입법조사처에 의뢰해 받은 ‘1가구 1주택 양도세 부담 비교’ 자료에 따르면 현재 국회에 제출된 정부의 세제 개편안이 확정되더라도 매매가 12억 원 이하 지방 주택을 가진 비거주 1주택자는 집을 팔 때 양도세를 내지 않아도 된다. 정부가 종합부동산세와 양도세에 각종 거주 요건을 신설했지만, 서울 등 조정대상지역이 아닌 지방 소재 주택에 대한 비과세 혜택의 요건은 현행 ‘2년 이상 보유’를 유지했기 때문이다.

현행 양도세 제도는 1가구 1주택자가 2년 이상 보유한 12억 원 이하 집을 팔면 양도소득에 대해 세금을 매기지 않는다. 다만 문재인 정부 시절 수도권 집값이 급등하자 정부는 2017년 8월 3일 이후 조정대상지역 주택에만 ‘2년 이상 거주’ 요건을 적용하기 시작했다. 6억 원에 집을 사서 한 번도 실거주하지 않고 10년 후 12억 원에 판 1주택자의 경우 서울에선 양도세가 1억6506만 원이지만, 지방에선 0원이다.

이런 가운데 정부는 지역에 상관없이 앞으로 거주하지 않은 주택에 대해선 양도세 장기보유특별공제를 받을 수 없도록 했다. 개편안에 양도세 장특공제를 2029년까지 단계적으로 거주 기간 중심의 공제로 바꾸는 내용이 담겼기 때문이다. 현재는 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주한 1가구 1주택자에게 최대 80%의 장특공제를 적용한다. 거주 2년 요건을 못 채워도 보유 기간에 따라 최대 30%까지 받을 수 있다.

정부 개편안에 따르면 12억 원에 사서 한 번도 거주하지 않은 지방 주택을 15년 뒤 24억 원에 파는 경우 양도세가 현재 1억4106만 원에서 2029년 이후 2억1501만 원으로 오른다. 지방 주택이라도 12억 원이 넘는 집을 팔면 이번 세제 개편안에 따라 세금을 더 내야 하는 것이다.

지방 주택에 대한 양도세 비과세 요건을 ‘2년 이상 보유’로 유지하면서 장특공제 대상에서 비거주 1주택자를 제외하는 것은 기준이 일관되지 않다는 지적이 나온다. 박 의원은 “정부가 집값을 잡으려는 목적으로 그때그때 땜질식으로 세제를 고치다 보니 1주택 양도세에 적용되는 거주 기준도 제각각이 됐다”고 꼬집었다. 이어 “이번 개편안은 거주하지 않았다는 이유로 1주택자까지 과도한 세금을 물리는 것”이라며 “누더기가 된 부동산 세제를 일관성 있고 예측가능하게 전면 개편해야 한다”고 했다.

세종=주애진 기자 jaj@donga.com