정기 세무조사와 비정기 세무조사는 어떻게 구분될까
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세무조사는 크게 정기 세무조사와 비정기 세무조사로 구분할 수 있다. 정기조사는 신고 내용의 적정성을 주기적으로 검증하기 위한 성격이 강한 반면, 비정기조사는 구체적인 탈루혐의 등 일정한 사유가 발생했을 때 실시된다.
반면 비정기 세무조사는 정기적인 신고성실도 검증과 달리 구체적인 탈루혐의나 세법에서 정한 조사 사유가 발생했을 때 실시되는 것이 일반적이다. 비정기조사의 선정 사유로 △신고 내용에 명백한 오류나 탈루혐의가 있는 경우 △구체적인 탈세 제보가 있는 경우 △세금계산서 관련 부정거래가 의심되는 경우 △명의위장이나 차명계좌 이용 등의 혐의가 있는 경우 등을 들 수 있다.
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세무조사는 크게 정기 세무조사와 비정기 세무조사로 구분할 수 있다. 정기조사는 신고 내용의 적정성을 주기적으로 검증하기 위한 성격이 강한 반면, 비정기조사는 구체적인 탈루혐의 등 일정한 사유가 발생했을 때 실시된다.
정기 세무조사는 말 그대로 신고 내용이 적정하게 이루어졌는지를 정기적으로 확인하기 위한 조사다. 따라서 정기조사 대상으로 선정됐다는 사실 자체가 탈세혐의를 의미하는 것은 아니다.
개인사업자의 정기조사 대상 선정에는 신고성실도와 세무조사를 받은 지 오래된 정도인 미조사 연수 등이 주요 기준으로 활용된다. 신고성실도는 단순히 종합소득세 신고서 한 장만 보고 판단하는 것이 아니다. 종합소득세와 부가가치세 신고자료, 과세자료, 과거 세무조사나 세원관리 결과 등 여러 자료를 활용해 신고내용의 성실도를 전산으로 분석한다. 과세관청은 지역별 사업자 수와 수입금액 규모, 조사인력 등을 고려해 조사대상자를 선정한다.
반면 비정기 세무조사는 정기적인 신고성실도 검증과 달리 구체적인 탈루혐의나 세법에서 정한 조사 사유가 발생했을 때 실시되는 것이 일반적이다. 비정기조사의 선정 사유로 △신고 내용에 명백한 오류나 탈루혐의가 있는 경우 △구체적인 탈세 제보가 있는 경우 △세금계산서 관련 부정거래가 의심되는 경우 △명의위장이나 차명계좌 이용 등의 혐의가 있는 경우 등을 들 수 있다.
약국의 관점에서 보면 매출 누락이나 가공·과다경비 등 신고내용에 문제가 있다고 판단되는 경우, 거래 상대방과의 거래에서 이상 징후가 발견되는 경우 등이 비정기조사로 이어질 가능성을 생각해 볼 수 있다.
다만 단순히 신고 내용에 오류가 있다는 이유만으로 곧바로 세무조사가 시작되는 것은 아니다. 과세관청은 과세자료나 신고자료 등을 분석한 후 해명자료 제출을 요구하거나 수정신고를 안내하는 등의 절차를 거칠 수도 있다. 이러한 과정에서 탈루혐의가 명백하고 조사가 필요하다고 판단되면 조사대상 선정으로 이어질 수 있다.
현재 국세기본법은 세무조사를 시작하기 20일 전까지 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유 등을 납세자에게 통지하도록 하고 있다. 따라서 일반적인 정기 세무조사라면 조사에 앞서 세무조사 사전통지를 받게 된다. 특히 2026년부터는 정기 세무조사 대상자가 조사시기를 선택할 수 있는 '정기 세무조사 시기선택제'도 전면 시행되고 있다. 정기조사 대상자는 안내받은 범위에서 희망 조사시기를 선택할 수 있고, 과세관청이 조사착수 예정월을 정한 뒤 실제 조사착수 20일 전까지 사전통지를 하고 조사를 시작한다. 이 제도는 2026년 4월 2일 이후 사전통지분부터 적용되고 있다.
반면 비정기조사는 사전통지가 생략될 수 있다. 사전에 조사 사실을 알려주면 장부나 증빙을 은닉하거나 폐기하는 등으로 조사 목적을 달성하기 어렵다고 판단되는 경우가 있기 때문이다.
세무조사 사전통지에는 조사대상 세목과 함께 조사대상 과세기간이 특정된다. 따라서 실제로 어느 기간을 조사받는지는 세무조사 통지서를 확인해야 한다.
정기조사에서는 신고내용의 적정성을 종합적으로 검증하기 위해 일정 기간을 대상으로 전반적인 조사가 이루어질 수 있고, 비정기조사에서는 특정 탈루혐의와 관련된 세목이나 기간을 중심으로 조사가 이루어질 수 있다. 세무조사는 전부조사뿐 아니라 특정 세목이나 특정 항목·거래 등에 한정하는 부분조사 방식으로도 실시할 수 있다. 조사대상기간은 해당 조사의 목적과 선정 사유 등을 고려해 정해진다.
다만 조사 과정에서 다른 과세기간이나 새로운 탈루혐의가 발견되는 경우에는 법에서 정한 요건에 따라 조사범위가 확대되거나 별도의 조사가 이루어질 수 있으므로 '통지받은 기간만 준비하면 된다'고 단순하게 생각해서는 안 된다.
국세기본법은 조사대상 세목과 업종, 사업 규모, 조사 난이도 등을 고려해 필요한 최소한의 기간으로 세무조사를 실시하도록 하고 있다. 특히 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 금액이 100억원 미만인 납세자의 세무조사 기간은 원칙적으로 20일 이내로 정하도록 하고 있다. 부가가치세 조사에서는 1과세기간 공급가액 합계액이 50억원 미만인 경우가 이에 해당한다. 따라서 일반적인 개인약국의 경우 법에서 정한 중소규모 납세자에 해당한다면 최초 조사기간은 원칙적으로 20일 이내이다.
