비거주자 ‘종부세 쇼크’ 피했지만…양도세 부담은 늘어난다

정부, 여론 악화에 ‘종부세 기준 하향’ 철회
장기보유 공제 단계적 폐지는 원안 유지
‘실거주자 세금 우대’ 정책 기조 명확히 해

2026년 세제개편안이 최종 확정된 1일 서울 서초구 한 부동산 중개업소에 관련 안내문이 부착돼 있다. 2026.09.01 뉴시스

정부가 비거주 1주택자에 대한 종합부동산세 기본공제 축소와 세 부담 상한 확대를 발표 29일 만에 되돌린 것은 여론 악화를 더 방치하기 어렵다고 판단했기 때문이다. 지난달 세제 개편안이 발표된 이후 같은 1주택자라도 거주 여부에 따라 종부세 부담이 크게 달라지면 과세 형평성과 세 부담의 예측 가능성이 훼손되고, 전월세 시장에도 부작용이 생길 수 있다는 우려가 거셌다.

다만 정부는 실거주 1주택자의 기본공제를 확대하고 양도소득세 공제 혜택을 거주기간 중심으로 바꾸는 방안은 원안대로 유지해 실거주자에게 더 큰 세제 혜택을 주겠다는 정책의 골격까지 철회하지는 않았다.

● 李, 국무회의 하루 앞두고 수정안 요구

이재명 대통령이 1일 청와대에서 열린 국무회의에서 발언하고 있다. 2026.9.1 뉴스1

지난달 3일 발표된 세제 개편 초안에는 실거주 1주택자의 종부세 기본공제를 12억 원에서 14억 원으로 높이는 대신에 비거주자는 12억 원에서 9억 원으로 낮추는 내용이 담겼다. 전년보다 늘어날 수 있는 보유세(재산세·종부세) 한도도 150%에서 200%로 확대할 계획이었다. 비거주자의 세금 부담이 단기간 급증할 것이란 우려가 제기된 이유다.

결국 정부는 1일 발표한 최종안에서 비거주 1주택자의 기본공제를 현행 12억 원으로 되돌리고 세 부담 상한도 150%로 유지했다. 반면 실거주 1주택자의 기본공제는 당초 안대로 14억 원으로 높였다. 거주 여부에 따른 공제 차이가 당초 계획한 5억 원에서 2억 원으로 줄었지만 실거주자를 우대한다는 원칙은 남긴 셈이다.

청와대에 따르면 이재명 대통령은 국무회의를 하루 앞둔 지난달 31일 부동산 세제 개편안에 대해 국회 내 논의 결과를 반영해 수정안을 국무회의에 상정하도록 지시한 것으로 전해졌다.

최근 부동산 여론이 극도로 악화되고, 여당에서도 수정 요구가 강하게 이어지면서 국무회의를 앞두고 입장을 바꾼 것으로 알려졌다.

청와대 관계자는 “아무래도 정부 원안을 그대로 국회에 보내면서 ‘알아서 해달라’는 것은 모양새가 좋지 않았다”며 “국회 의견을 존중하고, 국민들께도 기존 안을 고수하지 않는다는 것을 전달하기 위해 막판에 정부안을 일부 수정한 것”이라고 설명했다.

더불어민주당은 정책위원회 명의의 입장문을 통해 “실거주 우대 취지에 기본적으로 동의한다”면서도 “1주택자 간 과세 형평성과 세 부담의 예측 가능성도 강하게 고려돼야 한다”고 밝혔다. 실거주자와 비거주자의 2억 원 공제 차이가 국회에서 재조정될 가능성이 남아 있다는 의미로 해석된다.

● 장특공제 개편은 원안 유지하는 절충안

서울 송파구 롯데월드타워 서울스카이에서 바라본 아파트 모습. 2026.08.04 뉴시스

정부는 집을 보유하는 동안 부과되는 종부세 부담을 당초 안보다 완화했지만, 집을 팔 때 적용되는 양도세 혜택은 예고한 대로 줄이기로 했다. 현재 1가구 1주택자는 집을 보유한 기간과 실제 거주한 기간에 따라 양도차익의 최대 80%를 장기보유특별공제로 뺄 수 있다.

개편안에 따라 보유기간에 따른 공제는 단계적으로 줄고 실제 거주기간에 따른 공제는 늘어난다. 내년까지 현행 제도를 유지한 뒤 2028년에는 거주 연 6%, 보유 연 2%를 적용하고 2029년부터는 거주기간에 따라 연 8%, 최대 80%를 공제하는 장기거주소득공제로 바뀐다. 현재는 공제액에 제한이 없지만 2028년 최대 20억 원, 2029년부터는 최대 10억 원까지만 인정한다.

종부세·양도세 개편을 함께 보면 정부가 선택한 절충 방향이 더 명확해진다. 단기적으로는 종부세가 급격히 늘어나는 충격을 줄이되, 장기적으로는 실제 거주기간이 길수록 더 많은 세제 혜택을 주고 초고가 주택의 과도한 절세 혜택은 제한하겠다는 것이다. 다만 국회 심사 과정에서 이미 집을 장기간 보유해 온 사람에게 새 제도의 적용을 유예하거나 별도 예외를 둘지, 직장·교육 등 불가피한 비거주 사유를 어디까지 인정할지를 두고 논쟁은 이어질 것으로 보인다.

ISA는 투자자 반발을 받아들여 혜택 축소 방안을 사실상 전면 철회했다. 일반 ISA의 계약기간을 총 5년으로 제한하고 사용하지 않은 연간 납입한도를 다음 해로 넘기지 못하게 하려던 계획을 접은 것이다. 신설되는 생산적금융 ISA도 가입기간을 총 10년으로 제한하지 않고 미사용 납입한도의 이월을 허용한다. 2029년 말까지로 정했던 일몰기한을 없애고 청년형 생산적금융 ISA와 청년미래적금의 중복 가입도 허용하기로 했다.

세종=정순구 기자 soon9@donga.com
구민기 기자 koo@donga.com
윤다빈 기자 empty@donga.com