툴젠, 매출 1400억 공언했지만 현실은 9억…특허 전쟁도 주주 돈으로 [장하은의 유증 리포트]
상장 전망과 현실 괴리만 1400억원…결손금 1705억원 누적
특허 전쟁 장기화에 법률비 급증…최대주주 청약도 10% 수준
700억원 가운데 263억원이 소송비…“독특한 사례, 주주 납득할까"
툴젠은 지난 15일 이사회를 열고 주주배정 후 실권주 일반공모 방식의 유상증자를 결의했다. 신규 발행 주식 수는 77만7000주다. 예정 발행가는 주당 9만200원이며 총 조달 예정 금액은 약 700억원 규모다. 증자 비율은 기존 발행주식 수 대비 8.64% 수준이다. 공동 대표주관사는 대신증권과 키움증권이 맡았다. 신주 상장 예정일은 오는 8월 24일이다.
가장 눈에 띄는 부분은 자금 사용 구조다. 우선 조달 자금 중에서 가장 먼저 배정된 항목은 미국 저촉심사와 유럽·미국 특허침해 소송 대응을 위한 법률비다. 금액은 263억원으로 전체의 37.5% 수준이다. 툴젠은 올 하반기부터 2028년 말까지 저촉심사 대응 법률비 101억원, 특허침해 소송 비용 161억원을 집행할 계획이다.
연구개발에는 289억원이 배정됐다. 종자·치료제·품질혁신 부문 연구개발 관련 인건비와 재료비 등이 포함된다. 판매비와 일반관리비에는 148억원이 책정됐다.
결국 전체 조달 자금의 3분의 1 이상이 연구개발이 아닌 '특허 전쟁 비용'으로 사용되는 구조다. 바이오 기업이 유증 자금 사용 계획의 최우선 순위로 소송비를 적시한 것은 현재 툴젠의 현실을 단적으로 보여준다는 평가가 나온다.
툴젠의 핵심 자산은 CRISPR-Cas9 유전자가위 원천기술이다. 회사 측은 해당 기술을 진핵세포에 최초 적용한 기업이라는 입장이다. 다만 이 기술의 권리를 두고 미국 브로드 연구소, 캘리포니아대학교 등과 장기간 특허 분쟁을 이어가고 있다.
현재 전선은 크게 두 갈래다. 우선 CRISPR-Cas9 원천특허 저촉심사다. 2013년 이전 출원 특허에 적용되는 미국 선발명주의에 따라 미국 특허심판원(PTAB)에서 진행 중인 절차다. 툴젠 외에도 UC버클리 등으로 구성된 CVC그룹, 브로드 연구소가 얽혀 있는 3자 구도 분쟁이다.
툴젠은 2022년 9월 1단계에서 선순위 당사자(Senior Party) 지위를 확보했다. 이는 툴젠이 먼저 발명했다는 법적 추정을 받는 위치라는 의미다. 다만 이후 CVC그룹과 브로드 연구소 양측이 항소하면서 관련 절차는 중단됐고, 올해 3월 브로드 연구소가 승리하면서 보류됐던 툴젠 관련 저촉심사 2단계가 지난 3월 31일 재개됐다.
툴젠은 증권신고서를 통해 현재 진행 중인 저촉심사 최종 결과가 향후 2년 내 도출될 것으로 예상된다고 밝혔다.
또 다른 축은 리보핵단백질(CRISPR RNP) 특허침해 소송이다. 툴젠은 세계 최초 CRISPR 유전자치료제로 상용화된 카스제비(CASGEVY) 생산·판매 과정에서 자사 원천특허가 무단 사용됐다고 주장하고 있다. 이를 근거로 지난해 영국을 시작으로 네덜란드, 미국 등에서 관련 기업들을 상대로 특허침해 소송을 제기한 상태다.
문제는 비용 부담이다. 지급수수료(법률비 포함)는 2023년 45억원에서 2024년 88억원, 2025년 116억원으로 급증했다. 지난해에는 판매관리비 전체의 47.3%가 법률비 성격 지급수수료였다. 연구개발비 76억원보다 법률비가 더 많았다.
이번 유상증자로 확보한 263억원까지 투입될 경우 향후 특허 대응 비용은 지금보다 더 확대될 가능성이 높다. 특허 전쟁이 길어질수록 결국 주주 부담 역시 커질 수밖에 없는 구조다.
영업이익률 -1783%…부채비율 개선은 착시
재무 구조는 전형적인 초기 바이오 기업 형태를 띠고 있다. 다만 '초기'라는 표현이 무색할 정도로 적자 기간이 길다는 점이 문제로 꼽힌다.
툴젠의 연결 기준 매출은 2021년 16억원, 2022년 7억4000만원, 2023년 11억원, 2024년 8억9000만원, 2025년 13억원 수준이다. 연 매출이 수년째 10억원 안팎을 크게 벗어나지 못하고 있다. 올해 1분기 매출 역시 3억9000만원에 그쳤다.
반면 손실 규모는 수백억원대다. 영업손실은 2021년 207억원, 2022년 194억원, 2023년 171억원, 2024년 218억원, 2025년 233억원이다. 상각전영업이익(EBITDA) 역시 최근 5년 동안 단 한 차례도 흑자를 기록하지 못했다. 누적 영업손실만 1000억원을 넘어선다.
2024년 당기순이익 흑자를 기록하긴 했지만 이는 사업 정상화 결과와는 거리가 있었다. 62억원의 순이익이 발생했음에도 같은 해 영업활동현금흐름은 165억원 적자를 기록했다. 비현금 조정 항목 영향이 컸다는 의미다.
누적 적자가 쌓이면서 올해 1분기 기준 결손금은 1705억원까지 불어났다. 현금성자산은 2023년 말 345억원에서 2024년 말 162억원, 2025년 말 95억원으로 감소했고 올해 1분기 말에는 57억원까지 줄었다. 영업활동현금흐름 역시 2023년 -149억원, 2024년 -165억원, 2025년 -202억원으로 해마다 악화되는 흐름이다.
시장에서는 이번 유증이 사실상 운영 지속을 위한 성격도 강하다고 보고 있다. 현재 보유 현금만으로는 수개월 내 추가 자금 압박이 불가피했을 것이란 평가다.
외형상 재무 안정성 지표는 개선된 것처럼 보인다. 부채비율은 2023년 210.5%에서 올해 1분기 7.7%까지 하락했다. 다만 이는 영업 정상화 결과라기보다 2023년 발행했던 330억원 규모 전환사채(CB)가 이후 주식으로 전환되면서 부채가 자본으로 이동한 영향이 컸다. 자산재평가 효과도 반영됐다.
툴젠 역시 증권신고서에서 “재무지표 개선은 전환사채 전환 및 자산재평가 등 외부 자본조달과 회계상 분류 변경 영향이 크며 영업활동을 통한 구조적 개선으로 보기에는 한계가 있다"고 설명했다.
상장 청사진은 어디로…결손금만 1700억원
툴젠은 2021년 코스닥 이전상장 당시 공격적인 실적 전망을 제시했다. 2023년 매출 871억원, 2024년 매출 1402억원이었다. 특히 특허수익화 사업에서만 2024년 707억원 규모 라이선스 수익이 발생할 것으로 예상했다.
하지만 실제 성적표는 전혀 달랐다.
2023년 실제 매출은 11억원으로 전망치 대비 860억원 부족했다. 2024년 역시 실제 매출은 8억9000만원에 불과했다. 예측치와의 차이는 1393억원에 달했다.
영업이익 기준 괴리는 더 컸다. 2024년 예상치는 951억원 흑자였지만 실제로는 218억원 적자를 기록했다. 차이만 1169억원 규모다. 2024년 700억원이 넘는 수익을 예상했던 특허수익 역시 실제로는 8억원 수준에 그쳤다.
툴젠은 특허 불확실성과 글로벌 파트너사의 보수적 계약 기조 등을 원인으로 설명했다. 바이엘(Bayer·옛 몬산토)과의 계약에서 기대했던 로열티 수익이 아직 초기 단계에 머물러 있다는 설명도 내놨다.
다만 투자자 입장에서 중요한 것은 결과라는 지적이 나온다. 상장 당시 제시했던 수익화 시나리오가 4년째 현실화되지 못한 상황에서 다시 대규모 자금 조달에 나섰기 때문이다.
툴젠 역시 증권신고서에서 “특허수익화 사업의 실적은 파트너사 개발 일정과 글로벌 특허·규제 환경 변화 등 회사가 직접 통제하기 어려운 요인에 영향을 받을 수 있다"고 인정했다.
그렇다고 성장 논리 자체가 사라진 것은 아니다. 시장에서는 툴젠이 특허 분쟁 결과에 따라 기업 가치가 완전히 달라질 수 있는 구조라는 점에 주목하고 있다.
CRISPR-Cas9 저촉심사에서 승소할 경우 글로벌 유전자치료제 기업과 농업 기업을 대상으로 한 대규모 라이선스 협상이 가능해질 수 있다. CASGEVY(CRISPR-Cas9 기술을 기반으로 한 대표적인 치료제) 관련 특허침해 소송에서도 승소한다면 로열티 및 손해배상 수익 발생 가능성이 있다.
실제 툴젠은 미국 내 CRISPR RNP 관련 특허를 꾸준히 확대하고 있다. 현재 미국에서만 관련 특허 16건을 확보한 상태다.
치료제 파이프라인도 개발 중이다. 심혈관질환 치료제 지이비-이백(GEB-200)은 제넥트바이오(GenEditBio)와의 엘엔피(LNP·지질 나노입자) 기술 상호 라이선스 계약을 기반으로 미국 식품의약국(FDA) 임상 1상 진입을 목표로 하고 있다. 종자 사업에서도 Bayer 외에 키젠(KeyGene), 써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific), 바이오시드 인디아(Bioseed India), 눌라바이오(NulaBio) 등 총 24개 기업과 라이선스 계약을 체결했다.
마지막 증자일까, 더 큰 부담의 시작일까
추가 자금조달 가능성도 열려 있다. 툴젠은 증권신고서에서 “향후에도 상당 규모 연구개발 투자와 추가 자금조달이 불가피할 수 있다"고 밝혔다. 이번 700억원이 마지막 증자가 아닐 가능성도 배제할 수 없다는 의미다.
최대주주인 제넥신의 낮은 청약 참여율도 시장이 주목하는 부분이다. 제넥신은 배정 물량 약 9만6602주 가운데 약 10% 수준인 9660주에 대해서만 청약에 참여할 계획이다. 회사 측은 보유 현금을 고려한 최소 참여라고 설명했지만 시장에서는 추가 희석 가능성을 고려한 판단이라는 해석도 나온다.
관리종목 리스크 역시 변수다. 코스닥 규정상 2년 연속 매출 30억원 미만일 경우 관리종목 지정 사유가 발생한다. 툴젠의 지난해 매출은 13억원에 불과했다. 올해 역시 현재 사업 진행 속도를 감안하면 30억원 달성이 쉽지 않다는 전망이 나온다.
투자은행(IB) 업계 한 관계자는 “툴젠의 기술력 자체를 의심하는 시각은 많지 않다"며 “다만 이 기술이 실제 돈이 되려면 결국 특허 전쟁에서 승리해야 하고, 그 승리를 위해 다시 막대한 자금이 들어가는 구조"라고 말했다. 이어 “저촉심사 2단계가 이제 막 시작된 만큼 최종 결론까지는 상당한 시간이 걸릴 가능성이 높다"며 “그 과정에서 추가 자금 조달 가능성도 열어둬야 한다"고 덧붙였다.
툴젠이 글로벌 특허 전쟁에서 최종 승리할 경우 라이선스 수익 규모는 투자 비용을 상회할 수 있다. 다만 그 전제가 성립하지 않을 경우, 앞으로 추가될 소송 비용은 고스란히 주주 손해로 귀결된다.
한편 본지는 대규모 법률비를 최우선 항목으로 배정한 이유와 최대주주의 낮은 청약 참여 배경 등을 확인하기 위해 툴젠 측에 수차례 연락을 취했지만 회신은 없었다.
장하은 기자 lamen910@ekn.kr
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