[경제칼럼] 장기보유특별공제 폐지가 해법인가?

이진우 부동산자산관리연구소 소장 2026. 4. 21. 17:01
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▲ 이진우 부동산자산관리연구소 소장

장기보유특별공제 폐지가 해법인가? 부동산 시장에서 장기보유특별공제는 오랫동안 핵심적인 역할을 해온 장치다. 일정 기간 이상 부동산을 보유한 사람에게 양도소득세를 줄여주는 제도로 단기 투기보다는 장기 투자를 유도하겠다는 정책적 의도를 담고 있다. 최근 부동산 시장 환경과 세제 개편 흐름 속에서 이 제도를 둘러싼 논쟁은 점점 더 뜨거워지고 있다.

장기보유특별공제의 본래 취지는 부동산을 오래 보유한 경우 물가 상승과 명목가치 상승이 반영되어 실질적인 이익보다 과도한 세금이 부과될 수 있기 때문에, 이를 완화하자는 것이다. 동시에 단기 매매를 억제해 시장 안정성을 높이려는데 목적이 있다. 문제는 현실에서의 적용 방식이다. 현 정부 들어 고가 주택 보유자에게 공제가 집중된다는 점이 꾸준히 지적하고 있다. 보유 기간이 길수록 공제율이 높아지는 구조는 자산 규모가 큰 계층일수록 더 절세 효과를 누리게 만든다. 최근 정부는 보유 기간뿐 아니라 거주 기간 요건을 강화하는 방식으로 제도를 손질해 왔다. 이는 투기 목적 보유를 억제하고 실거주 중심의 시장을 유도하려는 시도로 볼 수 있지만, 정권이 바뀔 때마다 잦은 제도 변경은 시장의 예측 가능성을 떨어뜨리고 제도의 신뢰성을 낮출 수 있다.

장기보유특별공제 폐지, 해법인가 또 다른 문제의 시작일까? 폐지론의 핵심 논리는 비교적 간단하다. 장기보유특별공제가 고가 자산 보유자에게 과도한 세제 혜택을 제공하고, 결과적으로 자산 불평등을 심화시킨다는 지적이다. 실제로 보유 기간이 길수록 공제율이 커지는 구조는 자산 규모가 클수록 절대적인 세금 절감 효과를 확대시키는 경향이 있다. 장기보유에 대한 세제 혜택이 오히려 매물 잠김 현상을 유발한다는 주장이다. 세금을 줄이기 위해 매도를 미루면서 시장에 나오는 매물이 줄고 가격 하락을 막고 있다는 것이다.

현행대로 유지해야 한다는 논리는 장기간 보유한 부동산의 가격 상승에는 물가 상승이 상당 부분 반영되어 있는데, 공제가 사라질 경우 실질적인 이익보다 과도한 세금이 부과될 수 있다는 것이다. 이는 조세의 기본 원칙 중 하나인 과세의 공정성과도 충돌할 여지가 있다. 또 정책의 일관성과 신뢰성 문제도 간과할 수 없다. 장기보유를 장려해온 제도를 갑작스럽게 폐지할 경우, 기존의 투자 및 보유 결정이 정책 변화로 인해 크게 흔들릴 수 있다. 이는 단순한 세금 부담 증가를 넘어, 정책 리스크에 대한 불신으로 이어질 가능성이 있다.

현실적인 대안은 전면 폐지와 현행 유지 사이 어딘가에 있을 가능성이 크다. 예를 들어, 공제 혜택을 자산 규모에 따라 차등화하거나, 고가 주택에 대해서는 공제율을 축소하는 방식도 검토해 볼 필요가 있다. 물가 상승분만큼만 공제해주는 실질 이익 과세 방식으로의 전환도 검토해볼 수 있다. 중요한 것은 제도의 존폐 자체보다, 그 제도가 어떤 결과를 만들어내느냐다. 장기보유특별공제 폐지가 형평성을 개선할 수는 있지만, 동시에 시장 위축과 과세 부담 증가라는 부작용을 동반할 수 있다. 그래서 장기보유특별공제 개편은 사회적 합의를 통해 보다 장기적으로 결정해야 할 문제이다.