정기 세무조사 '시기 선택' 가능…약국 부담 줄어들까

국세청, 4월부터 세무조사 방식 전면 개편
중점검증항목 사전 공개로 사전 대비 여건 확대

ChatGPT 생성 이미지.

국세청이 4월부터 정기 세무조사 시기를 납세자가 직접 선택할 수 있도록 제도를 전면 개편하면서, 약국을 운영하는 약사들의 세무 대응 환경에도 변화가 예상된다.

국세청은 2일 발표한 세무조사 혁신 방안에서 '정기 세무조사 시기선택제'를 도입해 납세자가 3개월 범위 내에서 조사 시기를 직접 정할 수 있도록 하겠다고 밝혔다. 이에 따라 약국 역시 조제·복약지도 업무가 집중되는 시기나 연말정산, 재고정리 등 경영상 중요한 시점을 피해 세무조사를 받을 수 있게 된다.

기존에는 국세청이 일방적으로 조사 시기를 통보하면 특별한 사유가 없는 한 이를 수용해야 했지만, 이번 개편으로 약국 운영 일정과 세무조사 일정 간 충돌을 줄일 수 있는 여지가 생겼다. 조사 착수 전에는 기존과 동일하게 20일 전에 사전통지가 이뤄진다.

정기 세무조사 시기선택제 단계별 흐름. 국세청 제공.

약국 현장에서 중요한 요소는 '중점검증항목 사전 공개'다. 국세청은 세무조사 과정에서 반복적으로 적발되는 10개 유형을 공개하고, 관련 유의사항과 사례, Q&A를 함께 제공하기로 했다.

공개된 항목에는 사업용 카드의 사적 사용, 개인계좌를 통한 매출 누락, 가공 인건비 계상, 부가가치세 과·면세 구분 오류, 개인적 공급에 대한 부가세 누락 등이 포함된다. 이는 약국에서도 빈번하게 발생할 수 있는 유형으로, 특히 현금·카드 혼합 결제 구조와 직원 급여 처리, 의약품·건기식 과세 구분 등과 직결되는 부분이다.

예를 들어 약국에서 사업용 카드로 개인 용도의 지출을 처리하거나, 가족 명의 계좌를 통해 일부 매출을 수취하는 경우 세무조사 시 주요 검증 대상이 될 수 있다. 또한 근무 사실이 불명확한 가족 인건비를 비용으로 처리하는 경우도 가공 인건비로 판단될 수 있어 주의가 필요하다.

부가가치세 측면에서도 일반의약품, 의약외품, 건강기능식품 등 품목별 과세 여부가 다른 약국 특성상 과·면세 구분 오류가 주요 리스크로 꼽힌다. 국세청은 관련 거래를 일관된 기준으로 관리하고 증빙을 명확히 갖출 것을 요구하고 있다.

국세청은 이번 제도가 납세자가 신고 단계에서부터 스스로 점검하고, 조사 시에도 필요한 자료를 사전에 준비할 수 있도록 하기 위한 조치라고 설명했다.

업계 관계자는 해당 제도 시행으로 약국 경영 중 일어날 수 있는 정기세무조사에서 약간의 유연성이 부여될 수 있을 것이라 전망했다.

해당 관계자는 "정기 세무조사 대상자는 3개월 내에 조사 착수 시기를 직접 선택할 수 있는 만큼, 업무가 집중되는 시기, 해외 학회·연수 등 경영 혹은 약사 개인에게 중요한 시기를 피하는 데에는 도움이 될 것"이라며 "유연한 대응은 가능할 수 있지만 기한이 정해진 만큼 대비는 필수"이라 설명했다.