R&D 예산 풀고 세금 깎는 이재명 정부 예산…“중소기업 중심 코스닥 수혜” [투자360]

2025년 R&D 예산 35조3000억, 10년 내 최대폭 증가
AI·방산 세액공제 신설…헬스케어·반도체 등 코스닥 업종 유리

구윤철 경제부총리 겸 기획재정부 장관과 김병기 더불어민주당 원내대표가 지난달 26일 서울 여의도 국회 의원회관에서 열린 내년도 정부 예산안 편성 방향을 논의하기 위한 당정 협의에 참석해 대화하고 있다. 이상섭 기자

[헤럴드경제=문이림 기자] 이재명 정부가 내년도 연구·개발(R&D) 예산을 크게 늘리고 첨단산업 세제 감면 혜택까지 확대하면서 코스닥 중소기업이 직접적인 수혜를 입을 것이란 전망이 나왔다.

이재원 신한투자증권 연구원은 3일 보고서에서 “R&D 투자 사이클의 부활이 투자 지도를 바꾸고 있다”고 평가했다. R&D 예산 확대가 핵심 성장 동력이 될 것이라는 설명도 덧붙였다.

2026년 이재명 정부의 R&D 예산은 35조3000억원으로 전년 대비 19.3% 증가했다. 최근 10년 사이 최대 폭의 확대다. 세계은행에 따르면 한국의 정부·민간 합산 R&D 지출은 국내총생산(GDP) 대비 5.2%로, 이스라엘에 이어 세계 2위 수준이다. 유럽연합(EU) 평균의 두 배를 웃도는 규모다. 정부는 임기 내 총지출 대비 R&D 투자 비중을 현재 4.3%에서 5%로 끌어올린다는 목표를 제시했다. 이 연구원은 “정부가 추진하는 ‘진짜 R&D’ 전략은 기술주도 성장과 모두의 성장을 통한 과학기술의 성장”이라며 “향후 수년간 적극적 예산 투입 기조가 유지될 것”이라고 내다봤다.

예산 확대의 핵심은 첨단산업이다. 이 연구원은 “첨단산업에 집중되는 R&D 지원 정책은 중소기업이 더 유리할 것”이라고 짚었다.

인공지능, 에너지, 전략기술, 방산, 중소벤처 분야가 R&D 예산 중점 투자처로 꼽힌다. 특히 인공지능 예산은 2조3000억원으로 전년 대비 109.1% 증가했다. 올해 인공지능 예산(1조1000억원)에 두 배 이상이다.

내년 세제개편안에서 첨단산업 R&D 세액공제 분야도 확대됐다. 이 연구원은 “세액공제는 예산안 대비 기업이익에 직접적인 영향을 미쳐 주식시장 영향력이 상대적으로 더 크다”고 설명했다.

인공지능이 국가전략기술로, 방위산업이 신성장·원천기술로 포함됐다. 정부는 첨단산업 및 중소기업 중심으로 더 큰 세액공제율을 적용했다. 국가전략기술, 신성장·원천기술의 중소기업은 각각 40~50%, 30~40%의 세액공제를 받을 수 있다. 중견·대기업은 이보다 낮은 공제율이 적용된다.

세액공제는 기업 실적 개선으로 직결된다. 이 연구원 은 “R&D 지출이 개발 단계로 이어지지 못하면 비용이 증가해 주당순이익(EPS)이 하락할 수 있다”며 “정부 예산 확대와 세제 혜택은 이런 부담을 완화해주는 역할을 한다”고 설명했다. 정부 예산이 기업의 R&D 지출을 유도하고, 세제 혜택은 순이익을 개선하여 EPS 상승으로 이어진다는 의미다.

코스닥 시장이 상대적으로 더 큰 수혜를 입을 것이라는 전망도 나온다. 이 연구원은 “코스닥에서는 매출 대비 R&D 지출 비중이 높은 업종이 헬스케어, 소프트웨어, 반도체, 정보기술(IT) 하드웨어, 디스플레이, 미디어 순으로 꼽힌다”고 말했다. 영업이익 흑자를 내는 528개 기업 중 중소기업은 385개로 전체의 73%에 달한다. 업종 특성과 기업 규모를 고려하면 정부 지원 효과가 이들 기업에 집중될 가능성이 크다는 평가다.