조합 법인세율 특례 축소…“세 부담 늘어 농민 실익 줄 수도”

세제개편안, 일몰대상 농업분야 조세특례 어떻게 반영됐나
예탁금·출자금 비과세 차등 적용
총급여 5000만원 넘으면 과세
지역금융 인프라 축소 등 우려
20억원 초과 구간 세율 15%로
전국 농축협 중 260여곳 대상
영농 지원·복지사업 등 재원 영향

7월31일 정부가 발표한 ‘2025 세제개편안’에는 농어촌 주택 취득 양도소득세 특례, 영농자녀 증여농지 증여세 감면, 축사용지 양도소득세 감면 등 농업계 요구가 부분 반영됐다. 하지만 상호금융 비과세 예탁금, 농축협 법인세 조세특례와 같이 농촌 경기 활성화와 금융 인프라 유지 등에 큰 영향을 주는 제도들은 현행 특례보다 퇴보한 것으로 나타났다.

농촌현장 경제 유지에 큰 역할을 해온 상호금융 예탁금·출자금 비과세는 특례 범위가 대폭 줄어들었다.

현재 농축협·수협·산림조합 등 상호금융기관의 조합원이나 준조합원은 해당 기관에 예금을 하면 3000만원까지는 이자소득세(14%)가 면제된다. 농어촌특별세(1.4%)만 부담하면 돼 조합원의 자산 증식과 상호금융 인프라 유지에 큰 기여를 해왔다. 조합원이 출자할 경우 2000만원 한도까지 배당소득세도 면제된다.

하지만 개편안은 예탁금과 출자금 모두 가입자의 자격과 소득에 따라 비과세 적용에 차등을 뒀다. 농·어·임업에 종사하는 조합원과 총급여 5000만원(종합소득 3800만원) 이하의 가입자는 2028년까지 현재와 같이 이자소득세 부담이 없다. 다만 총급여가 5000만원이 넘는 가입자는 당장 내년부터 세금 5%가 적용되고 2027년부터는 세율이 9%로 오른다.

박금철 기획재정부 세제실장은 “농협·수협 등 가입 구성을 보면 준조합원이 전체의 80∼90%로 대다수를 차지하고 있다”며 “농어민 외 고소득자도 세제 혜택을 받고 있는데, 이를 정비하고자 저율 분리과세를 도입하기로 했다”고 말했다.

하지만 해당 제도가 농축협을 비롯한 상호금융기관의 운용을 사실상 지탱해왔다는 점에서 현장의 반발이 거셀 것으로 보인다. 제1금융권 은행들이 지방에서 오프라인 점포를 줄이는 추세에 더해 이번 제도개편이 상호금융권의 기초체력 약화와 지역금융 인프라 축소로 이어질 수 있어서다. 농가소득이 도시가구소득의 60%에 불과한 상황에서 농민조합원의 비과세 한도 상향은 검토하지 않고, 기존의 특례 범위를 줄인 데 대해 ‘농촌 홀대’ 문제도 불거질 수 있다.

농축협 등 조합 법인세의 과세특례 범위도 축소 조정됐다.

기존에는 과세표준 20억원 이하 구간은 9%, 20억원 초과 구간은 12%의 법인세율을 적용했다. 하지만 개편안은 내년부터 과세표준 20억원 초과 구간에 현행보다 3%포인트 높은 15%를 적용하도록 했다.

농협 내부 추산에 따르면 전국 260여곳 농축협이 높아진 세율을 적용받을 것으로 보인다. 이 중 100여곳은 농촌형 농축협이다. 농축협에 세 부담이 늘어나면 영농 지원, 복지사업, 재난 지원에 투입할 재원이 축소되는 만큼 개편안을 받아 든 농촌 현장의 표정이 밝지 않을 것이라는 예상이 나온다. 매년 적잖은 금액을 도농상생기금으로 출연하고 있는 도시 농축협들도 추가 부담을 피할 수 없게 됐다.

한 농협 관계자는 “농협은 조합원 출자 외에 자본 확충이 어려워 수익의 일부를 자본으로 유보해 각종 지원사업의 재원으로 활용하고 있다”며 “가뜩이나 최근 산불·폭염·집중호우 등으로 각종 지원사업비 지출이 늘고 있는데 법인세율까지 상향되면 결국 농민 지원사업이 축소되는 결과로 이어질 것”이라고 우려했다.