늦게 환급받은 의료비, 이제 가산세 안 낸다… 국세청 "과다공제"

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세종시에 사는 근로자 이 씨는 2022년 위암 수술을 하면서 총급여 4000만 원 중 의료비로 1200만 원을 지출하고, 지난해 2월 연말정산에서 의료비 세액공제 162만 원을 공제받았다. 이후 9월 건보공단으로부터 의료비 환급금으로 500만 원을 돌려 받아 의료비로 인한 가계 부담을 덜 수 있었다. 그러나 이 씨는 올해 9월 회사로부터 해당 의료비 환급금을 의료비에서 차감하지 않아 과다공제를 받았으므로 가산세 16만 원을 포함해 근로소득세 91만 원을 추가납부해야 한다는 안내를 받았다. 이 씨는 "연말정산이 끝나고 6개월도 더 지나서 돌려 받은 사후환급금을 연말정산 때 차감하지 못해 가산세를 부담하는 것은 억울하다는 생각이 들었다"고 토로했다.

11일 국세청에 따르면 감사원에 사전컨설팅을 신청해 근로자의 '본인부담상한제 환급금'(의료비 환급금)에 대해 가산세를 면제하도록 최종 의견을 받았다.

현재 세법상 '의료비 환급금'은 의료비 세액공제 대상이 아니다. 이에 연말정산 또는 종합소득세 신고(5월) 시 의료비에서 빼고 신고해야 한다.

하지만 건보공단에서는 환급금 결정이 늦게 돼 납세자는 신고기한까지 그 금액을 알 수 없어 과다공제가 발생해왔다.

앞서 국세청은 가산세가 발생하지 않도록 신고 기한 전에 의료비 환급금 자료를 받으려고 건보공단과 협의도 했으나, 건보공단 일정상 시기를 앞당겨 자료를 수집하는 것은 불가능하다는 것을 확인했다.

이에 국세청은 보다 정확한 판단근거를 마련하고자 감사원에 '적극행정 컨설팅'을 신청했다. 그 결과 의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우 납세 의무자에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라는 결정을 받았다.

이에 따라 2019년 귀속(2020년 5월 31일 신고 기한) 분부터 이미 가산세를 낸 근로자가 있다면 최근 5년에 대해 경정 청구할 수 있다.

국세청은 "앞으로도 적극 행정으로 문제를 신속하게 해결하는 등 최선의 노력을 다하겠다"고 밝혔다.