연말정산 끝나고 나온 환급금, 신고 못해서 '가산세'…이젠 안내도 된다

국세청.

#세종시에 사는 직장인 A씨는 2022년 위암 수술을 하면서 총급여 4000만원 중 의료비로 1200만원을 지출했다. 의료비 지출로 2023년 2월 연말정산 시 의료비 세액공제 162만원을 공제 받았다. 이후 같은 해 9월에 건보공단으로부터 의료비 환급금으로 500만원을 돌려받아 의료비로 인한 가계 부담을 덜 수 있었다. 그러나 A씨는 2024년 9월에 회사로부터 해당 의료비 환급금을 의료비에서 차감하지 않아 과다공제를 받았으므로 가산세 16만원을 포함해 근로소득세 91만원을 추가납부 해야 한다는 안내를 받았다. 국세상담센터를 통해 상담을 받은 A씨는 연말정산이 끝나고 6개월도 더 지나서 돌려받은 사후환급금을 연말정산 때 차감하지 못해 가산세를 부담하는 것은 억울하다고 생각했다.

국세청이 본인부담상한제 환급금(의료비 환급금)에 대해 과대공제자에게 적용되는 가산세를 면제해준다.

국세청은 감사원에게 사전컨설팅을 신청해 근로자가 종합소득세 신고기한 이후에 수령하는 국민건강보험공단의 '의료비 환급금'에 대해 과다공제자에게 적용되는 가산세를 면제하도록 최종 의견을 받았다고 11일 밝혔다.

의료비 환급금은 연간 보험적용 본인부담금이 상한액을 초과한 경우 그 초과금액을 건보공단에서 부담해 과도한 의료비 지출로 경제적 어려움을 겪는 국민의 가계부담을 완화하는 제도다.

국세청에 따르면 현행 세법상 '의료비 환급금'은 의료비 세액공제 대상이 아니므로 연말정산(3월) 또는 종합소득세 신고(5월) 시 의료비에서 차감하고 신고해야 한다. 그러나 건보공단에서는 지출연도 다음해 8월말 이후 환급금이 결정·지급돼 납세자는 신고기한까지 그 금액을 알 수 없어 과다공제가 발생한다.

국세청은 가산세가 발생되지 않도록 신고기한 전에 의료비 환급금 자료를 받고자 건보공단과 협의를 진행했으나 건보공단의 일정상 시기를 앞당겨 자료를 수집하는 것은 불가하다는 것을 확인했다.

이에 국세청은 납세자에게 귀책을 물을 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 자체 판단했지만 법적 불확실성을 해소하기 위해 보다 정확한 판단근거를 마련하고자 감사원에 '적극행정 컨설팅'을 신청했다.

감사원은 '찾아가는 사전컨설팅'을 통해 국세청을 방문해 관련 내용을 경청하고 가산세를 면제할 정당한 사유에 대한 판례 및 기획재정부 질의 등 다방면으로 심도 깊은 검토를 수행했다.

국세청은 건보공단의 업무처리방식과 지급시기에 대한 감사원의 이해도를 높이기 위해 건보공단으로부터 설명 자료를 협조 받아 감사원에 제출하는 등 지속적인 업무 공유를 진행했다.

국세청과 감사원이 협업한 결과 의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우 납세의무자에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라는 결정을 이끌어 내어 납세자의 불이익을 해소할 수 있게 됐다.

국세청은 앞으로도 국민의 불편에 귀 기울이고 적극행정으로 문제를 신속하게 해결하는 등 최선의 노력을 다하겠다고 밝혔다.

세종=오세중 기자 danoh@mt.co.kr