"기업연구소 사후관리 부실" 5년전 경고…정부 이제야 '늑장 처방'

감사원 신고체계 구축 주문
부처간 소통 안돼 '땜질' 그쳐
부설연구소·세제환수 기업 등
과기부·국세청 정보공유 추진

올해 국정감사에서 기업 부설연구소 인정과 사후관리 실태에 문제가 있다는 지적이 나오자, 정부가 그제야 대응 방안을 마련하는 등 '늑장' 대응에 나섰다.

18일 박수영 국민의힘 의원에 따르면 과학기술정보통신부는 '기업 부설연구소 관리 강화 및 운영 내실화 방안'을 준비 중이다.

과기정통부는 기업 부설연구소가 인정 기준이나 준수 사항 등을 위반한 경우 '기초연구 진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률'에 따라 인정 여부를 관리한다. 거짓 또는 부정한 방법이 적발될 경우 연구소 인정을 취소하고, 1년간 설립 신고를 할 수 없도록 제한하고 있다.

과기정통부가 검토하는 운영 내실화 방안에는 허위 신고로 취소된 기업 부설연구소에 대한 설립 제한을 2년으로 강화하는 안이 담겼다.

또 기업 부설연구소 인정이 취소된 기업이 인정을 재신청하면 현지 실사 확인을 거쳐 인정하기로 했다. 인정 심사 기간도 현행 10일이 소요되는데, 이 역시 30일로 확대한다는 방침이다.

기업 부설연구소에 대한 조세 지원은 국세청이 담당한다. 국세청은 최근 '2024 연구개발(R&D) 세액공제 전산 사후관리 추진 계획'을 내놨다. 이에 따르면 검증 내실화를 위해 R&D 세액공제 요건 검증 규모와 범위를 확대한다. 이를 통해 실효성 있는 사후관리를 추진한다는 구상이다.

기업 부설연구소에 대한 문제 제기는 이번이 처음이 아니다. 감사원은 2019년 6월 관련 감사 결과를 내놓은 바 있다. 당시 감사원은 관계 기관이 협의해 기업 부설연구소 관련 행정 정보를 공동 이용하는 등 신고 관리 체계를 마련하라고 주문했다. 부정 신고를 한 기업 부설연구소에 적정한 조치를 마련하라고도 처분했다.

이에 따라 과기정통부는 '기초연구 진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률' 시행 규칙을 개정했다. 연구 전담 요원이 해당 기업 직원임을 증명할 수 있는 서류를 제출 서류에 포함해 검증을 강화한다는 취지였다. 그러나 '땜질 처방'에 불과했다는 지적이 나왔다. 정작 관계 기관 간 정보 공유가 이뤄지지 않았기 때문이다.

기업이 R&D 과제를 신청할 때 기업 부설연구소 인정 요건을 갖췄으나, 과제 진행 중 인정이 취소되거나 연구인력이 변경돼도 관련 정보를 관계 기관 간에 공유하지 않았다.

국정감사 때 이 같은 점이 지적되자 뒤늦게 관계 기관 간 정보 공유가 시작됐다. 산업통상자원부 관계자는 "한국산업기술진흥협회(산기협)의 기업부설연구소 등록정보 미공유 문제는 과기정통부 담당자와 협의해 금번 10월부터 관련 정보를 제공받고 있다"고 밝혔다.

과기정통부와 산기협은 "과제 진행 중 인정이 취소된 정보를 2014년부터 과기정통부를 통해 전 부처간 공유하고 있음에도 불구하고, 제대로 활용되지 않았다"고 반박했다.

[고재원 기자]