[2024 세법] 국가전략기술 세액공제 연장… 통합고용세액공제, ‘단기 알바’ 채용도 반영

중소→중견기업 연착륙 위해 ‘중소기업 유예기간’ 확대
해외자원 개발 투자 세액공제 지원요건 완화
해운기업 톤세제 5년 연장

정부가 국가전략기술 및 신성장·원천기술 기술개발(R&D) 비용 세액공제와 국가전략기술 투자세액공제의 적용기한을 2027년까지 3년 연장한다. 초기 중견기업이 중소기업이 받는 세제 혜택을 계속 받을 수 있는 ‘중소기업 유예기간’을 3년에서 5년으로 연장한다.

기업의 고용 확대를 유인하기 위해 도입한 ‘통합고용세액공제’ 제도도 개편한다. 상시근로자를 중심으로 설계된 제도를 기간제나 단시간 등 탄력고용 형태에도 적용할 수 있도록 개선한 게 핵심이다.

기획재정부는 25일 열린 세제발전심의위원회에서 이러한 내용을 담은 세법개정안을 발표했다.

그래픽=손민균

◇국가전략기술 등 R&D 세액공제 적용 기한 3년 연장…중견기업 돼도 ‘중소’ 혜택

정부는 올해말 일몰 예정이었던 국가전략기술 등 기술개발(R&D) 세액공제와 통합투자세액공제의 적용기한을 2027년 말까지 3년 더 연장한다. R&D 세액공제는 기업이 국가전략기술이나 신성장·원천기술 R&D에 투자할 경우, 투자 비용의 일정 부분을 법인세에서 공제하는 것을 말한다.

R&D 비용 세액 공제는 중소기업의 경우 신성장·원천기술은 30~40%, 국가전략기술은 40~50%의 공제율이 적용된다. 중견기업과 대기업의 경우 신성장·원천기술은 20~30%, 국가전략기술은 30~40%의 공제율이 적용된다.

통합투자세액공제는 국가전략기술 7개 분야(반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래차, 바이오의약품)의 사업화시설 투자 비용에 대해 대기업과 중견기업은 15%, 중소기업은 25%를 공제해주는 제도다.

기업의 기술 투자 확대를 유도하기 위해 도입한 ‘투자 증가분’에 대한 추가 공제율도 상향된다. 현행 조특법은 당해연도 투자액이 직전 3년 평균 투자액보다 증가한 규모에 대해 국가전략기술은 4%, 일반·신성장원천기술은 3%의 추가 공제율을 제공했다. 정부는 이 추가공제율을 기술 구분에 관계없이 10%로 상향할 방침이다.

중소기업에서 중견기업으로 성장한 ‘초기 중견기업’이 중소기업의 혜택을 계속 누릴 수 있는 유예기간도 3년에서 5년으로 연장한다. 코스피·코스닥에 상장한 기업은 2년이 추가돼 최장 7년까지 유예를 받을 수 있다.

유예기간 종료 후에도 기업의 세액공제 혜택이 급감하지 않도록 세액 공제율을 계단형으로 줄이는 ‘점감’(점점 줄어듦) 구조를 도입한다. 획일화된 중견기업의 범위도 산업별로 구분해 조정한다. 업종별 특성을 고려해 일괄적으로 적용됐던 중견기업 규모 기준을 업종별 중소기업 기준의 3배로 설정했다.

그래픽=손민균

◇9to6 근로 어려운 단기 근로자 고용 유도 위한 ‘통합고용세액공제’ 개편

1개월 이상~1년 이하 기간제 근로자나 단시간 근로자를 고용하는 회사에도 고용 확대에 따른 세액공제 혜택이 부여된다. 그간 세액공제 대상이 아니었던 임시직·초단시간 근로자를 고용한 회사까지 세액공제 대상을 확대하는 것이다.

1개월 이상 기간제 근로자 및 단시간 근로자를 고용한 기업은 근로자의 임금증가율이 3~20%인 경우 중소기업은 임금 증가분의 20%, 중견기업은 임금 증가분의 10%의 공제를 적용한다. 근로자의 임금증가율이 20%를 초과할 시, 중소기업은 20%를 초과한 증가분의 40%의 세액을 공제해 주고, 중견기업은 20%를 공제해 준다.

그동안 산업계에선 건강·육아·학업 등의 이유로 ‘나인투식스(오전 9시~오후 6시)’ 등 고정시간 근로가 어려운 근로자에 대한 세액공제를 신설해야 한다는 목소리가 나왔다. 정부는 이러한 의견을 반영해 1년 이하 기간제 근로자나 주 15시간 이하 초단시간 근로자도 세액공제 대상에 포함시키는 방향으로 통합고용세액공제를 재설계했다.

다만, 회사가 정규직 등 근로자를 줄이고 단기근로자들만 늘릴 수 있다는 우려에 따라 탄력적으로 일하는 이들에 대한 세액공제는 ‘임금증가율’을 공제규모 기준으로 삼았다. 같은 임금으로 1년씩 단기간 계약을 갱신하는 회사의 경우 세액공제를 적용받을 수 없다. 정부가 임금증가율 증가분에 해당하는 세액공제를 해주기로 했기 때문이다.

단기간 근무하는 탄력고용자뿐만 아니라 정규직 등 계속고용을 늘린 중소·중견기업에 대한 공제규모도 확대했다. 청년, 장애인, 60세 이상, 경력단절자 등 사회취약계층을 계속고용인력으로 뽑은 수도권 중소기업에는 2200만원, 지방 중소기업에는 2400만원으로 공제액을 확대한다. 각각 현행보다 750만원, 850만원씩 늘어난 규모다. 중견기업의 경우 현행보다 400만원 늘어난 1200만원으로 공제액을 확대한다. 그 외 계속고용을 한 경우에도 수도권 중소기업은 1300만원, 지방 중소기업은 1500만원, 중견기업은 700만원으로 공제액을 늘린다.

근로 선호도가 높은 대기업은 계속고용, 탄력고용 관계없이 공제 확대 대상에서 제외됐다. 이에 대해 기재부 관계자는 “대기업은 고용 여력이 있는 만큼 국가 재정 상황을 고려하여 세제 지원 대상을 중소·중견 기업으로 국한했다”고 말했다.

그래픽=손민균

◇해외자원개발투자·해외진출 기업 리쇼어링 위한 세액공제

정부는 공급망 안정화를 위해 해외자원개발 투자 또는 출자금액의 3%를 소득·법인세에서 공제해 주는 세액공제 지원 요건도 완화하기로 했다. 기존 세법은 내국인이 단독으로 외국자회사에 100% 출자해 채굴권과 조광권을 취득한 경우에만 자원개발세액공제 혜택을 부여했다.

하지만 해당 제도는 현실성이 떨어진다는 지적이 나왔다. 해외자원개발의 경우 대상국에서 정부나 자국 기업의 지분 참여를 요구하는 게 일반적이다. 국내 자본만으로 100% 출자해 현지 채굴권을 획득하는 게 사실상 불가능하다는 것이다.

또 리스크 경감 차원에서 단독으로 출자하기보다는 복수의 회사가 컨소시엄을 구성해 출자하는 경우가 많아, 단독 100% 출자는 거의 사례가 없다는 비판을 받았다.

정부는 이러한 현실을 반영해 해당국 정부가 배당 등을 이유로 의무 보유지분을 설정한 경우, 해당 지분은 세액공제 요건에서 제외하기로 했다. 또 내국인이 공동으로 100% 출자한 자회사도 세액공제를 받을 수 있도록 법안을 수정했다. 예컨대 석유공사와 국내 대기업이 리스크(위험) 분산을 위해 절반씩 외국자회사에 출자한 경우에도 세액 공제 혜택을 부여하겠다는 것이다.

해외진출기업이 리쇼어링(국내복귀)할 시 소득·법인세 및 관세를 감면해 주는 제도의 적용 기한을 2027년까지 3년 연장한다. 정부는 해외진출기업이 완전히 복귀하거나 수도권 외 지역으로 부분 복귀할 시 소득·법인세를 7년간 100%, 3년간 50% 감면해 준다. 수도권 내 부분 복귀할 시 3년간 100%, 2년간 50% 감면해 준다. 관세 역시 완전 복귀할 시 100%, 부분 복귀할 시 50%를 감면한다.

그래픽=손민균

해운산업의 국제경쟁력 제고를 위해 해운기업 법인세 과세표준 특례(톤세) 적용기한도 2029년까지 5년 연장한다. 톤세제는 해운기업이 영업이익에 따라 법인세를 납부하지 않고, 보유 선박이 실을 수 있는 톤(t)에 따른 정률적 비율로 세금을 내는 제도다. 우리나라의 경우 5년마다 재연장 여부를 심사한다.

다만 국적선박 확충을 유도하기 위해 국적선사가 소유한 ‘기준선박’과 ‘기준선박이 아닌 선박(용선)’에 대한 운항일 이익을 차등 적용하기로 했다.

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