업종 구분 없이 '매출 3천억 미만=중견기업' 과세 공식 깨진다

[2024년 세법개정안⑤]

핵심요약

중견기업 기준 매출 업종별 세분화, 조세형평성 제고
중소기업 졸업 유예 3→5년으로 확대…코스피·코스닥 상장기업은 7년까지 혜택

연합뉴스

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②말 많던 종부세, 세법개정안에서 빠졌다…국회서 공 받나
③코인과세 2년 유예·금투세는 폐지…주주환원 촉진세제 신설
④결혼만 하면 100만 원 세액공제…자녀 세액공제도 확대
⑤업종 구분 없이 '매출 3천억 미만=중견기업' 과세 공식 깨진다
⑥육아휴직에 男女 없다…경력단절자 모두 조세특례 대상

조세특례제한법(조특법)상 직전 3년 평균 매출액이 3천억 원 미만이면 모두 중견기업으로 분류하던 지정 기준 범위가 업종별로 세분화된다.

중견기업에 진입하면 중소기업 때보다 세부담이 커지는데, 전반적인 매출 규모가 큰 업종에서는 너무 쉽게 중견기업으로 올라서게 돼 형평성 문제가 제기돼 왔다.

이에 정부는 중소기업의 경우 이미 지정 기준 매출액을 업종별로 달리하는 데 착안, 같은 업종 중소기업 기준 매출액의 3배 미만을 중견기업으로 분류해 과세한다는 방침이다.

기획재정부는 25일 이 같은 내용의 세법개정안을 발표했다.

최상목 경제부총리 겸 기재부 장관은 "중소기업은 매출액 기준이 업종별로 400억 원부터 1500억 원까지 있는데 중견기업 기준은 매출액 3천억 원(R&D 세액공제 시 5천억 원)이다 보니 제조업의 경우 2배만 커져도 조특법상 중견기업에서 벗어나게 되고, 숙박·음식업은 7배 반이 커지도록 계속 중견기업 혜택을 보게 된다"고 개정 추진 취지를 설명했다.

예컨대 '의류 및 1차금속 제조 등 업종'은 중소기업 매출액 기준이 1500억 원인 데 따라 그 3배인 4500억 원(R&D 5배, 7500억 원)이 중견기업을 가르는 기준이 된다. 중소기업 매출액 기준 자체가 1천억 원으로 큰 '식료품 제조 및 건설, 도소매 등'은 3천억(5천억) 원이 중견기업 매출액 기준이 되지만, '숙박·음식·교육서비스 등'은 매출액 400억 원이면 중소기업, 1200억(2천억) 원까지 중견기업으로 분류하는 식이다.

중소기업 매출액 기준은 5년마다 소관부처에서 재검토해 조정하는 만큼, 이에 따라 중견기업 매출액 기준도 변동하게 된다.

또 중견기업 분류 적용 제외업종에 기존 △소비성서비스업 △금융·보험·연금업과 관련 서비스업에 더해, '부동산임대업'이 추가된다.

이번 시행령 개정이 이뤄지면 시행일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다.

중소기업 졸업 유예기간 확대…기업성장사다리 구축

중소기업 매출액이 업종별 기준을 초과하거나 자산총액이 5천억 원을 넘어서 중견기업으로 올라서더라도 세제상 중소기업 혜택을 3년간 유지하는 '졸업 유예' 기간도 5년으로 확대한다.

특히 해당 기업이 코스피·코스닥 상장사일 경우 2년을 더해 총 7년간 중소기업 때와 같은 세제혜택을 받는다. 중소기업의 자본시장 진출을 유도하고, 성장잠재력이 큰 우수기업의 성장 가속화 및 밸류업(기업가치제고)을 지원한다는 취지다.

또 유예기간이 지나더라도 처음 3년(R&D 5년)간 중소기업과 중견기업의 중간 수준 세액공제율을 적용하는 '점감구조'를 도입한다. 기업 성장 단계에 따라 세부담이 너무 급히 늘지 않도록 해 성장사다리가 이어질 수 있도록 하는 것이다.

세액공제를 통해 고용창출을 도모하는 '통합고용세액공제' 제도는 전면적으로 바꾼다. 현행 제도에서는 직전 과세연도 대비 증가한 상시근로자 수에 따라 중소·중견기업은 3년간, 대기업은 2년간 공제하되 상시근로자 수가 줄면 지원 중단 및 기 공제액 추징을 하는 방식으로 '계속고용'을 유도했는데, 임시직과 일용직 및 초단시간 근로자 등 각종 비정규직 노동자들을 '탄력고용'으로 지원대상에 포함한다.

계속고용 공제액은 상향하고 탄력고용은 인건비 증가분의 20%(10%)를 공제하는 식으로 정률제 지원을 도입한다. 개정 시 내년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 고용 및 인건비 증가분부터 적용하지만, 그 전 증가분에 대해선 종전 규정을 적용한다.

다만 자칫 상시근로자 대신 고용기간이 불안정한 비정규직 고용을 늘리도록 부추길 수 있다는 우려도 나온다. 이에 대해 기재부 관계자는 "상시근로자 고용 규모를 유지 또는 확대하는 전제 아래 공제하기 때문에 문제없을 것"이라고 강조했지만, 주무부처인 고용노동부와 협의 여부에 대해서는 "이제 협의하겠다"고 밝혔다.

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'톤세 조정' 조선·해운 경쟁력 제고…'창업·지방이전감세' 지역균형 도모

해운기업의 해상운임소득 과세표준을 개별선박표준이익(순톤수x톤당 1운항일 이익x운항일수x사용률) 합계액으로 계산하는 이른바 '톤세' 제도 연장과 함께, 외국의 톤세처럼 '기준선박'의 이익을 차등 적용, '기준선박이 아닌 선박'에는 30% 할증을 적용한다.

물가 및 운임료 상승을 고려하고, 장기적으론 기준선박에 해당하는 '선사 직간접 보유 국적선박'의 확충을 유도해 국내 조선업 확대와 해운업 경쟁력 강화를 도모한다는 복안이다.  

이밖에 소상공인·중소기업 지원 차원에서 건설기계 개인사업자의 고가 건설기계 처분에 따른 세부담을 덜기 위해 '건설기계 처분이익 사업소득 분할 과세특례'를 신설한다.

또 창업중소기업 세액감면 시 지방보다 창업 여건이 양호한 과밀억제권역 밖 수도권 지역은 감면율을 인하해 균형발전을 유도하고, 소프트웨어와 콘텐츠 등 신성장서비스업 우대 감면율 적용기한을 종료해 업종간 과세형평을 제고한다.

공장을 지방으로 이전한 기업에 소득·법인세를 감면해주는 지방이전세제도 수도권 인구감소지역으로 이전 시 처음 5년간 100% 및 추가 2년간 50% 감세 혜택을 주되, 수도권 안으로 이전하는 기업은 감면대상에서 제외하기로 했다.

이번에 마련된 세법개정안은 2주간 입법예고 기간을 두고 다음 달 국무회의를 거쳐 9월 2일 이전 정기국회에 제출돼 여야 논의 테이블에 오른다.

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CBS노컷뉴스 최서윤 기자 sabi@cbs.co.kr

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