톤세제도, 2029년까지 계속간다…非기준선박은 세 부담 높여 [2024 세법개정안]

R&D·통합투자 세액공제도 '3년 더'
통합투자세액공제 증가분 공제율은 10%로 상향

지난달 11일 오전 경기 평택시 포승읍 평택항 수출 야적장에 컨테이너들이 쌓여있다. 뉴스1

해운사에 세금을 깎아주고 재투자를 유도하는 법인세 특례제도인 ‘톤세제도’ 일몰기한이 2029년까지 5년 재연장된다. 단, 국적 선박 확충을 유도하기 위해 상대적으로 용선(국적 선사가 소유하지 않고 빌린 선박)의 세 부담은 높이기로 했다. 국가전략 기술 등 연구개발(R&D) 비용에 대한 세액공제는 3년 연장된다.

기획재정부는 25일 서울 명동 은행회관에서 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용을 담은 ‘2024년 세법 개정안’을 확정했다.

톤세제도는 해운업체에 적용되는 법인세 특례제도다. 해운 소득에 대해 선박의 순(純) 수와 운항 일수를 바탕으로 추정이익을 산정해 법인세를 매긴다. 국내에 톤세제도는 2005년 5년 시한의 일몰제로 처음 도입돼 2009년, 2014년, 2019년 세 차례 연장됐다.

톤세제도는 올해 12월 31일을 끝으로 종료될 예정이었지만, 정부는 조세특례제한법 등을 개정해 다시 톤세제도의 적용 기한을 2029년 12월 31일까지 5년 연장한다는 방침이다.

정부는 톤세제도를 연장하되 재설계할 계획이다. 기준선박(국적선사가 소유한 선박)에 대해선 당 1 운항일 이익을 현행과 같이 유지하면서 대신 용선에 대해선 30% 할증하기로 했다.

톤세제도는 해운 소득에 대한 법인세 과세표준을 ‘개별선박의 순 수’와 ‘당 1 운항일 이익’. ‘운항 일수’, ‘사용률’ 등으로 계산한다. 당 1 운항일 이익이 높을수록 과세표준이 높아지고 세 부담이 무거워진다.

기재부 관계자는 “물가와 운임 상승으로 용선의 당 1 운항일 이익이 높아졌다”며 “세제 인센티브를 통해 국적 선박을 더 확보하기 위한 부분도 있다”고 설명했다.

정부는 조특법을 개정해 국가전략기술이나 신성장·원천기술 R&D 비용에 대한 세액공제와 국가전략 기술 투자세액공제의 적용 기한도 2027년 12월 31일까지 3년 연장하기로 했다. 기업투자 확대를 유도하기 위해 통합 투자 세액공제의 중가분 공제율은 국가전략기술이나 신성장·원천기술에 관계없이 10%로 상향된다.

이광식 기자 bumeran@hankyung.com