복수의결권주식에 뒤따르는 양도세…정부, 납부 시점 늦춰준다 [2024 세법개정안]

보통주 전환 때까지 양도소득세 이연
스톡옵션 과세특례는 3년 연장키로

오영주 중소벤처기업부 장관이 지난 10일 서울 강남구 조선팰리스에서 열린 ‘AI 스타트업 링크업(Linkup) 협의회'에서 초격차 AI 스타트업 레벨업(LevelUp) 전략을 발표하고 있다. 중소벤처기업부 제공

앞으로 벤처기업 창업자가 투자를 유치하면서 경영권을 지키기 위해 '복수의결권 주식'을 발행할 때 세금 부담이 줄어든다. 복수의결권 주식이 보통주로 전환될 때까지 창업자가 양도소득세 납부를 미룰 수 있도록 정부가 제도를 신설하기로 했다. 벤처기업 임직원이 주식매수선택권(스톡옵션)을 행사해 얻은 이익에 대한 비과세 등 과세특례는 3년 연장된다.

기획재정부는 25일 서울 명동 은행회관에서 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용을 담은 ‘2024년 세법 개정안’을 확정했다.

복수의결권 주식은 벤처기업 창업주에게만 발행되는 주식으로 1주당 최대 10개의 의결권이 있다. 창업자가 100억원 이상의 대규모 투자를 유치할 때 창업주 지분이 희석되면서 최대주주 지위를 잃지 않도록 보호하는 장치다. 작년 11월 벤처기업법이 개정되면서 비상장 벤처·스타트업에 한해 처음 도입됐다.

문제는 세금이다. 복수의결권 주식을 발행할 때 일반적으로 창업주는 보유하고 있던 구주를 회사에 현물 출자한 다음 복수의결권 주식을 신주로 받는다. 현행 세법은 이 과정을 ‘구주 매각을 통해 차익을 얻은 후 신주를 받은 것’으로 보고 양도소득세를 부과해왔다. 양도소득세 납부 의무는 보통주 현물출자한 시점에 생긴다.

정부는 조세특례제한법을 개정해 복수의결권 주식(신주)이 보통주로 전환될 때까지 양도소득세 과세를 이연할 방침이다. 신주의 보통주 전환은 복수의결권 주식의 존속기간(최대 10년)이 만료되거나 복수의결권 주식이 상속·양도되는 경우, 또는 벤처기업이 상장할 때 이뤄진다.

정부는 올해를 끝으로 종료될 예정이었던 벤처기업의 스톡옵션 행사 이익에 대한 과세특례 적용 기한도 2027년 12월 31일까지 3년 연장하기로 했다. 벤처기업 임직원은 스톡옵션을 행사해 연 2억원 이내의 이익을 얻은 경우 비과세 혜택을 받을 수 있다. 행사 이익이 연 2억원을 넘을 경우 소득세를 5년간 분할해서 낼 수 있다.

이광식 기자 bumeran@hankyung.com