中企 졸업해도 세제혜택 2년 더…코스피·코스닥 상장사 최대 7년

[2024 세법개정안] 투자·고용·지역발전 촉진
'피터팬 증후군' 해소에 초점…유예기간 확대
중견기업 기준 현실화…국가전략기술 공제 3년 더
세제혜택 점감구조 도입…인건비도 R&D 공제 포함

[세종=이데일리 이지은 기자] 중견기업으로 성장한 중소기업에 세제혜택을 계속 주는 유예 기간이 3년에서 5년으로 늘어난다. 코스피나 코스닥에 상장한 기업은 여기에 2년을 더해 7년간 혜택을 누릴 수 있게 된다. 반도체 등을 비롯한 국가전략기술에 대한 세액공제는 3년 연장한다.

반도체기업 HPSP를 방문한 최상목 부총리 겸 기획재정부 장관(왼쪽). (사진=기재부 제공)

정부는 25일 발표한 ‘2024년 세법개정안’을 통해 이 같은 내용의 경제 역동성 지원 방안을 공개했다.

이에 따르면 중소기업을 졸업하더라도 기존에 받던 세제 혜택을 받을 수 있는 적용 기간은 3년에서 5년으로 연장된다. △특별세액감면 △통합투자세액공제 △R&D 세액공제 △고용세액공제 등 중소기업이 받을 수 있는 각종 지원이 축소되기에 중견기업으로 성장하는 것을 주저하는 ‘피터팬 증후군’으로 이어졌다는 게 정부의 진단이다.

특히 코스피·코스닥 상장 중소기업에게는 최대 7년까지 유예 기간을 부여하기로 했다. 직접 금융시장에서의 자금조달과 기업가치 제고(밸류업)을 촉진하는 차원이다.법인세 연결납세제도를 최초 적용한 뒤 중소기업 규정을 적용받는 기간도 3년에서 5년으로 늘어난다.

중견기업의 규모 기준도 조정한다. 현재 기재부가 운영하는 조세특례제한법(조특법)상 중견기업은 ‘매출액 기준 3000억원·R&D 비용 세액공제 기준 5000억원’으로 분류되는데, 이를 ‘업종별 중소기업 매출액 상한의 3배·R&D 비용 세액공제의 5배’로 변경한다는 방침이다. 예컨대 의류·1차 금속 등을 제조하는 중견기업의 매출액 기준은 중소기업(1500억원)의 3배인 4500억원이 되며, R&D 비용 세액공제로는 7500만원까지 올라간다.

정정훈 기재부 세제실장은 “중소기업 매출액 기준이 400억원부터 1500억원까지다 보니 제조업의 경우 중견기업 범위가 중소기업에서 2배만 커져도 조특법상 중견기업에서 벗어나게 된다”며 “업종간 형평성 문제가 있기에 고용이나 투자, 매출이 큰 업종의 경우 중견기업의 범위를 넓히고 작은 업종은 줄이는 방식으로 개선했다”고 설명했다.

올해를 끝으로 일몰 예정인 국가전략기술에 대한 세액공제는 3년 더 늘리겠다는 방침이다. 현재 국가전략기술로 지정된 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소 등의 기술과 관련해 시설 투자는 15%(중소기업 25%), 연구개발(R&D) 투자는 30∼50%의 세액공제를 받을 수 있다. 신성장·원천기술에 대한 R&D비용 세액공제도 2027년까지 연장할 예정이다. 기업 투자 확대를 유도하기 위해 통합투자세액공제의 증가분에 대한 공제율도 10%까지 상향한다.

일반 R&D 세액공제의 공제율 점감구조를 국가전략기술과 신성장·원천기술 R&D까지 확대하고 통합투세액공제에도 도입하는 조특법 개정도 추진한다. 중소기업 규모를 넘어서더라도 급격한 변화가 생기지 않도록 점차 세액공제 비율을 낮추겠다는 의미다. 이에 따라 국가전략기술 분야는 중소기업이 세제혜택 40%를 유예받다가 졸업하는 시점이 오면 35%로 낮아지고, 신성장·원천기술 분야는 30% 세액공제에서 중견기업 진입 시 25%로 떨어진다.

R&D 세액공제 적용대상은 확대하기로 했다. 인건비에 대해서도 국가전략기술과 신성장·원천기술 연구를 수행하는 경우 공제받을 수 있게 하고, 시설임차료 비용도 공제 대상에 포함시킨다. 임직원이 아닌 일반인들을 위한 인력개발을 교육하는 기업의 경우 이를 인력개발비로 인정해 공제를 적용할 계획이다. R&D에 사용하는 기계장치의 감가상각 기간은 5년에서 3년으로 단축해 법인세 부담도 완화한다.

이지은 (jeanlee@edaily.co.kr)