"3억원 돌려달라"…SK하이닉스, 지방법인세 소송 패소

/로이터=뉴스1

SK하이닉스가 서울시 지자체에 세금 3억여원을 환급해달라고 소송을 냈지만 패소했다.

13일 법조계에 따르면 서울고법 행정9-3부(부장판사 조찬영 김무신 김승주)는 지난 7일 SK하이닉스가 서울 강남구청장과 종로구청장을 상대로 낸 법인지방소득세 경정거부처분 취소 청구 소송 파기환송심에서 원고 청구를 모두 기각했다.

이 소송은 2014년 지방세법이 개정되면서 촉발했다. 법인지방소득세는 중앙정부에 귀속되는 법인세와 달리 지자체가 걷는 지방세다. 개정 전에는 법인세액의 10%를 지방정부에 내는 부가세 방식으로 징수·부과됐다. 2014년 귀속 소득분부터는 법인세 과세표준에 1.0~2.5%를 곱해 내는 독립세 방식으로 바뀌었다.

SK하이닉스는 SK그룹에 인수되기 전인 2009사업연도부터 2013사업연도까지 실적 악화로 연구·인력개발비에 대한 조세특례제한법(조특법)상 법인세 세액 공제 혜택을 받지 못했다. 법인세가 최저한세액(각종 조세감면을 받더라도 납부해야하는 최소한의 세금)에 못 미쳐서다. 공제받지 못한 세액은 향후 5년 중 법인세가 최저한세액보다 높은 해에 공제받을 수 있다. 이에 따라 SK하이닉스는 2014년부터 2017년까지 과거 공제받지 못한 연구·인력개발비를 '법인세'에서 공제받았다.

문제는 법인지방소득세에서 연구·인력개발비를 공제받지 못하면서 발생했다. 법인지방소득세를 2014년 이전처럼 법인세를 기준으로 일정 비율 곱해 내야 법인지방소득세에서도 세액공제를 받은 효과를 볼 수 있는데, 법 개정에 따라 '법인세 과세표준'을 기준으로 납부하게 되면서 이월공제 효과를 누릴 수 없게 된 것이다.

SK하이닉스는 2018년 10월 사업장이 있는 강남구와 종로구에 이월공제 받지 못한 세액 각각 약 3억3000만원(2014사업연도), 90만원(2017사업연도)을 돌려달라고 환급 신청을 냈다. 그 근거로 개정된 지방세법 부칙에 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과했어야 할 지방세에 대해서는 종전 규정을 따른다'고 명시돼 있다는 점을 들었다. 하지만 지자체들은 이 신청을 거절했다.

1·2심 재판부는 SK하이닉스의 손을 들어줬다. 재판부는 "개정 지방세법 부칙은 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것"이라며 "(부칙의) '종전 규정'에는 조특법 등이 포함되고 연구비 등에 대한 지출은 종전 규정을 신뢰해 이뤄진 것으로 이같은 신뢰는 보호돼야 한다"고 했다.

이 판단은 대법원에서 뒤집혔다. 대법원은 "원심은 개정 지방세법 부칙 조항을 근거로 SK하이닉스에 대해 구 지방세법을 적용해야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단했다. 하지만 조세감면 등을 명시적으로 규정한 '종전 규정'이 존재한다고 볼 수 없다"며 "따라서 2014, 2017사업연도 법인지방소득세에 대해 부칙을 근거로 구 지방세법의 과세표준과 세율을 적용할 수는 없다"고 밝혔다.

파기환송심 재판부도 이런 대법원의 판단 취지에 따랐다.

SK하이닉스는 경기 성남시 분당구와 이천시를 상대로도 400억여원 상당의 법인지방소득세경정거부처분취소 소송을 제기했지만, 대법원은 원고 승소 판결한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

박가영 기자 park0801@mt.co.kr