권익위 "서류 안 내 법인세 감면못받은 영농조합 2천700곳에 환급"

'부과제척기간 지났어도 환급' 권고해 국세청 수용

국민권익위원회 [연합뉴스TV 제공]

(서울=연합뉴스) 김영신 기자 = 국민권익위원회는 서류를 제출하지 않아 법인세를 감면받지 못했던 영농조합법인 2천700곳이 법인세 약 170억원을 돌려받게 될 것이라고 21일 밝혔다.

권익위에 따르면 A 영농조합법인은 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하며 식량작물 재배업 소득에 대해 법인세 감면을 적용해서 과세관청에 신고했다.

과세관청은 조세특례제한법 시행령에 따라 농어업경영체등록 확인서를 제출해야만 법인세 감면 대상에 해당한다며, 이 서류를 제출하지 않은 A 법인에 대해 감면 세액을 추징했다.

A 법인은 당시 불복 신청을 하지 않고 추징된 법인세를 납부했으나, B 법인은 같은 사유에 불복해 법원에 행정 소송을 제기한 끝에 지난해 3월 대법원에서 최종 승소했다.

대법원은 시행령상 농어업경영체등록 확인서를 제출하도록 한 규정은 법의 위임을 벗어난 것으로, 해당 서류 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건이 아니라는 취지로 판단했다.

국세청은 대법원 판결에 따라 B 법인에 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급해줬으나, 세법상 세금을 부과할 수 있는 기간(부과제척기간)이 지난 경우에 대해서는 소송 당사자가 아니면 처분을 할 수 없는 상황이었다.

이에 이미 법인세를 납부했던 A 법인이 권익위에 고충 민원을 신청해, 권익위는 동일한 사례에 대해 전체적으로 실태 파악을 했다. 그 결과 법인세를 부과받은 영농조합법인은 전국적으로 총 2천700여곳, 법인세 총액은 약 170억원이었다.

권익위는 "대법원 판결 등을 종합적으로 고려해 세법상 부과제척기간이 지난 A 법인을 포함한 2천700여곳의 약 170억에 대해서도 법인세 감면을 적용해서 환급하는 것이 타당하다"고 밝혔다.

국세청은 이런 권고를 받아들여 부과제척기간이 지난 영농조합법인에 대해 조속한 시일 내에 부과 처분을 취소하기로 했다고 권익위는 전했다.

shiny@yna.co.kr

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