[단독] “SK하이닉스에 400억 안 돌려줘도 된다” 대법 판결에 이천시·분당구 반색

분당구·이천시 상대로 낸 환급 소송
대법, SK하이닉스 손든 원심 파기
“구법, 조세 감면 명시 규정 없어”

SK하이닉스 사업장이 있는 지방자치단체가 하이닉스에 법인지방소득세를 환급해줄 필요가 없다는 대법원 판단이 나왔다. 소(訴)를 제기한 지 무려 5년 만에 나온 결론이다. 하이닉스가 환급을 요청한 세액은 약 400억원에 달했다. SK하이닉스가 내는 법인지방소득세가 세수의 상당액을 차지하는 지자체로서는 대법원 판결로 한숨을 돌리게 됐다.

경기 이천시 SK하이닉스 본사의 모습./뉴스1

9일 법조계에 따르면 대법원 2부(주심 민유숙 대법관)는 지난달 7일 SK하이닉스가 성남시 분당구청장과 이천시장을 상대로 제기한 법인 지방소득세 경정 거부 처분 취소 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 법인 지방소득세는 중앙정부에 귀속되는 법인세와 달리 지자체가 걷는 지방세다. 2013년 말까지 기업은 법인세의 10%를 법인지방소득세로 내다가 2014년부터 법인세 과세표준에 1.0~2.5%를 곱해 낸다.

SK하이닉스는 SK그룹에 인수되기 전인 2009사업연도부터 2013사업연도까지 실적 부진 여파로 연구·인력개발비에 대한 법인세 세액 공제 혜택을 못 받았다. 법인세가 최저한세액(각종 조세감면을 받더라도 납부해야하는 최소한의 세금)에 못 미쳤기 때문이다. 세법상 공제받지 못한 세액은 향후 5년 중 법인세가 최저한세액보다 높은 해에 공제 받을 수 있다. 이에 따라 2014년부터 2017년까지 과거 공제 받지 못한 연구·인력개발비를 법인세에서 공제 받았다.

그런데 SK하이닉스는 지자체에 내는 법인지방소득세에서도 연구·인력개발비를 공제받지 못했다. 2014년 새로 시행된 지방세법과 지방세특례제한법에 따라 법인지방소득세 부과 방식이 바뀐 영향이다. 법인지방소득세를 2014년 이전처럼 법인세를 기준으로 일정 비율을 곱해 납부해야 법인지방소득세에서도 세액공제를 받은 효과를 볼 수 있는데, 법인세 과세표준을 기준으로 법인지방소득세를 내게 됐기 때문에 이월공제 효과를 못 본 것이다.

SK하이닉스는 2018년 10월 이천시와 분당구를 상대로 이월공제 받지 못한 세액을 돌려달라고 환급 신청을 냈지만, 지자체들은 모두 거절했다. 그러자 그해 11월 사측은 “이미 공제받은 법인세 이월공제액에 비례해 법인지방세도 공제받아야 한다”며 수원지방법원에 세금을 환급해달라는 취지의 소송을 제기했다. 1심 재판부는 “SK하이닉스의 경정청구를 거부한 이천시와 분당구의 처분이 적법하다”고 판결했다.

그러나 2020년 6월 수원고등법원 제1행정부(재판장 이광만)는 1심 판결을 뒤집고 SK하이닉스의 손을 들어줬다. 재판부는 “개정 지방세법은 조세 법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 납세자의 신뢰 보호를 위해 종전 규정이 적용되도록 하는 특별규정으로 기능한다”고 판단했다.

이 판단은 대법원에서 또 한번 뒤집혔다. 대법원은 “원심은 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용해야 한다는 전제에서 이 사건 거부 처분이 위법하다고 판단했지만, 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정이 존재한다고 볼 수 없으므로 2014~2017 사업연도 법인지방소득세에 대해 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다”고 판단했다. 이어 “개정 전 법령은 법인세에 대한 세액공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다”고 덧붙였다.

법인지방소득세를 환급해달라며 지자체를 상대로 소송을 제기한 기업은 SK하이닉스 뿐만이 아닌 것으로 알려졌다. 이날 대법원이 원심판결 파기 환송하면서 SK하이닉스 등 세액 환급을 주장한 기업의 환급 가능성은 작을 것으로 보인다.

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