정부, 국가전략기술 세액공제 연장 추진…세액환급제도 도입되나

내년말 일몰 예정…제도 연장 여부 연구용역
법인세 공제방식서 세액환급제로 전환도 검토
최상목 “일몰 연장 및 개선 검토 필요성”

[세종=이데일리 조용석 기자] 정부가 내년 말 끝나는 국가전략기술 세액공제 제도에 대한 연장 여부를 검토한다. 법인세를 공제해주는 방식이 아닌 세액에 상당하는 금액을 돌려주는 세액환급제도가 도입될지도 관심사다.

25일 정부 당국에 따르면 기획재정부는 이같은 내용을 담은 연구용역을 내년 중 실시한다.

국가전략기술은 국가 안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 경제 전반에 중대한 영향을 끼치는 기술을 말한다. △반도체 △이차전지 △백신 △디스플레이 △수소 △미래형 이동수단 등이 현재까지 지정된 국가전략기술이다.

지정된 국가전략기술은 사업화를 위한 시설 투자에 대해서는 현재 15%(중소기업은 25%), 연구개발(R&D) 비용에 대해서는 30∼50%의 세액공제를 받는다. 적용 기한은 내년 12월 31일까지다.

기재부는 내년말 일몰 예정인 제도의 연장할지 여부를 두고 연구 용역을 시행한다. 이는 연간 조세특례금액이 300억원 이상인 특례에 대해서는 의무적으로 심층 평가를 해야 하는 데 따른 것이다.

정부는 국가전략기술 세액공제 개선 방안도 함께 검토할 예정이다. 현행 법인세 공제방식에서 투자세액공제 환급과 제3자 양도제를 도입하는 방안이 거론된다.

현재 국가전략기술 통합투자 세액공제는 시설 투자에 대해 법인세를 공제해주는 방식이다. 결국 익금이 없어 법인세를 내지 않은 기업은 당장 공제 혜택을 받을 수 없다. 대신 공제받지 못한 세액을 다음 해로 넘겨 향후 이익이 나면 공제받을 수 있다.

최 후보자는 인사청문회 서면답변에서 “내년 중 (국가전략기술) 제도의 효과성을 종합적으로 검토해 일몰 연장 여부 또는 개선 필요성 등을 판단할 필요가 있다”며 “부총리로 취임하게 된다면, 내년 중 관련 연구용역을 실시하고 연구 결과를 바탕으로 제도 개선 방향을 검토할 것”이라고 말했다.

조용석 (chojuri@edaily.co.kr)