국가전략기술 세액공제 연장되나…‘이익 못 내도 지원’ 검토

정부가 ‘국가전략기술’로 정해진 분야에 투자한 기업에 법인세 부담을 낮춰주는 국가전략기술 세액공제 제도를 2025년 이후에도 시행할지를 검토할 예정이다. 영업이익을 내지 못한 기업에는 세액공제액 상당액을 환급하거나 제3자에 양도하는 방안을 함께 검토한다.

25일 기획재정부 설명을 종합하면, 정부는 내년 말 일몰 예정인 국가전략기술 세액공제 제도를 연장할지를 결정하기 위한 연구용역을 내년 중 시행한다. 국가전략기술이란 국가 안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 경제 전반에 중대한 영향을 끼치는 기술을 뜻한다. 조세특례제한법(K-칩스법)과 시행령이 정한 국가전략기술은 현재 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품 등이다. 이들 기술과 관련된 시설 투자를 한 기업에는 15%(대기업·중견기업) 또는 25%(중소기업)의 높은 세액공제율이 적용된다. 연구개발 비용은 30∼50% 공제율로 법인세를 깎아준다.

기재부가 연구 용역을 추진하는 것은 연간 조세특례 금액이 300억원 이상인 조세특례에 대해서는 조세특례제한법에 따라 의무적으로 평가를 시행해야 하기 때문이다. 조세특례제한법 142조는 ‘해당 연도에 적용기한이 종료되는 사항으로서 대통령령으로 정한 일정 금액 이상 조세특례에 대해서는 전문적인 조사·연구기관이 목표 달성도, 경제적 효과, 소득재분배 효과, 재정에 미치는 영향 등을 평가한 결과를 회계연도 개시 120일 전까지 국회에 제출해야 한다’고 정하고 있다.

연구용역 범위에는 영업이익이 나지 않아 법인세를 부담할 것이 없는 기업들에는 세액공제액에 상당하는 금액을 현금으로 지원하거나 제3자에 양도를 가능하게 하는 방안의 효과와 필요성도 포함된다. 국가전략기술 세액공제는 이익을 바탕으로 산출된 과세표준에 세율을 적용해 산정하는 법인세 공제 방식이지만, 이익이 나지 않아도 정부가 기업의 투자비용을 분담할 수 있는 방안을 검토하려는 것이다. 현재는 이익이 나지 않은 국가전략기술 투자 기업들은 공제받지 못한 세액을 다음 해로 넘겨 이익이 나면 공제 받을 수 있는 ‘이월’ 제도가 운용되고 있다.

이런 방안을 담은 조세특례제한법 개정안은 이미 발의돼 있다. 김상훈 국민의힘 의원은 “국제적 경쟁이 치열해 초기 투자가 절실한 첨단산업의 경우 미래보다는 현재 체감할 수 있는 지원이 필요하다”며 현금 지원과 제3자 양도 근거를 담은 조세특례제한법 개정안을 지난 6월 대표발의했다. 국회 기획재정위원회는 올해 정기국회에서 이 법안을 처리하지는 않았지만, 현금 지원 등의 도입 필요성을 연구용역할 것을 지난달 조세소위 법안 심사를 마치며 부대의견으로 달아놓은 바 있다.

국가전략기술 투자 기업을 위한 세액공제는 기업 투자 촉진효과가 실재하는지를 두고 논란이 분분한 제도다. 그런데도 올해 들어 윤석열 정부의 감세 정책 기조하에 공제율이 대폭 오르고 국가전략기술 범위도 잇따라 확대됐다. 이런 상황에서 2025년 이후에도 국가전략기술 세액공제 제도가 현재 모습대로 계속 시행되면 일부 대기업을 위한 특혜성 지원이란 비판도 이어질 것으로 보인다. 최상목 부총리 겸 기재부 장관 후보자가 최근 국회에 제출한 인사청문 서면답변서를 보면, 올해 국가전략기술 세액공제액은 시설투자와 알앤디 투자를 합해 총 1조9468억원에 이를 것으로 예상됐다. 이 가운데 대기업에 돌아갈 공제 금액이 1조9410억원으로 대부분을 차지한다.

최하얀 기자 chy@hani.co.kr