정부, 내년 중 국가전략기술 세액공제 연장·개선안 연구 용역

연간 조세특례금액 300억원 이상일 경우 심층 평가 의무
공제방식 기존 법인세 차감에서 직접 환급·제3자 양도제 등 검토

최상목 경제부총리 겸 기획재정부 장관 후보자가 답변을 하고 있다. 윤창원 기자

정부가 내년 말로 종료되는 국가전략기술 세액공제 제도에 대한 연장 여부를 검토하기로 했다.

25일 정부 당국에 의하면 기획재정부는 국가전략기술 세액공제와 세액환급제 개선 등과 관련한 내용의 연구 용역을 내년에 실시할 것으로 알려졌다.

국가전략기술은 안보상 전략적 중요성이 있고, 경제 전반에 중대한 영향을 미치는 기술을 가리키는 것으로, 반도체, 2차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단 등이 이에 해당한다.

이들의 사업화를 위해 시설 투자에 나설 경우 대기업은 15%, 중소기업은 25%의 세액공제를 받을 수 있고, 연구개발(R&D) 비용은 30~50%의 세액공제를 받는다.

내년 12월31일까지 공제가 적용되는데, 기재부는 이를 연장할지 여부를 두고 연구 용역에 나선다.

연간 조세특례금액이 300억원 이상인 특례는 의무적으로 심층 평가를 해야 하기 때문이다.

최상목 부총리 겸 기재부 장관 후보자가 국회에 제출한 인사청문 답변서에 의하면 국가전략기술 R&D 비용 세액공제가 1조1968억원, 시설투자 등 통합투자 세액공제가 7500억원으로, 올해 국가전략기술 세액 공제 규모는 총 1조9468억원에 달할 전망이다.

정부는 공제 제도를 개선하는 방안도 검토 중인데, 투자세액공제 환급과 제3자 양도제 등이 거론되고 있다.

국가전략기술 통합투자 세액공제는 투자분에 대한 공제규모 만큼을 법인세에서 공제해주는 방식으로 이뤄진다.

영업이익을 내지 못하면 투자를 했더라도 공제를 받지 못하기 때문에 경영에 어려움을 겪을 수 있다.

이듬해로 넘겨 세액을 공제받을 수 있지만 상당기간이 필요한 만큼, 공제 세액을 현금으로 돌려주거나, 제3자에게 양도하는 방식의 도입 필요성이 제기되고 있다.

국민의힘 김상훈 의원이 미국 인플레이션 감축법(IRA)를 참고해 개정안을 발의했고, 검토 의견이 지난달 국회 기획재정위원회 조세소위원회에서 부대의견으로 채택됐다.

이 외에도 국내기업이 해외법인과 지분투자 형식으로 벌인 공동사업으로 국가전략기술을 이전받을 때의 세액공제 방안, 국가전략기술 육성에 관한 특별법과 조세특례제한법상 국가전략기술 범위가 다른 사안, 국가전략기술 분야 추가 시 사전에 국회 기재위에 보고하는 사안 등도 부대의견으로 올라와 있다.

최 후보자는 서면답변서를 통해 "내년 중 제도의 효과성을 종합적으로 검토해 일몰 연장 여부 또는 개선 필요성 등을 판단할 필요가 있다"며 "부총리로 취임하게 된다면 내년 중 관련 연구용역을 실시하고 연구 결과를 바탕으로 제도 개선 방향을 검토하겠다"고 말했다.

※CBS노컷뉴스는 여러분의 제보로 함께 세상을 바꿉니다. 각종 비리와 부당대우, 사건사고와 미담 등 모든 얘깃거리를 알려주세요.

• 이메일 :jebo@cbs.co.kr
• 카카오톡 :@노컷뉴스
• 사이트 :https://url.kr/b71afn

CBS노컷뉴스 이준규 기자 findlove@cbs.co.kr

▶ 기자와 카톡 채팅하기▶ 노컷뉴스 영상 구독하기