국세청, 환급 지연·부실 과세 조사 선정 등 권익 침해

서울청, 과세지문과 다르게 환급 지연
기재부, 판결과 달리 해석해 부실과세
구체 탈루혐의 없는 납세자 조사 선정

[서울=뉴시스] 김명원 기자 = 서울 종로구 감사원의 모습. 2022.10.12. kmx1105@newsis.com

[서울=뉴시스]최서진 기자 = 정부의 부실과세와 부당한 세무조사로 납세자 권익이 침해되는 등 납세자의 부담이 여전한 것으로 드러났다.

감사원은 12일 남세자 권익보호제도 운영의 적정성 및 세무조사권 남용 등 납세자 권익 침해 사례를 점검하기 위해 감사를 실시했다.

감사 결과에 따르면, 서울지방국세청은 2022년 3월부터 주식회사 등 31개 법인이 퇴직자 임금을 포함해 산정한 미환류소득에 따라 신고한 법인세의 환급을 경정청구한 사항을 검토 처리했다.

그런데 같은해 9월 기재부 세법해석 등에 따라 관하 세무서에는 58개 업체에 대한 법인세 317억 원을 환급하게 하고도 서울청 소관의 환급 건은 조세심판원에 동일쟁점의 심판청구가 계류 중이라는 사유로 장기간 미처리고, 2023년 2월부터 뒤늦게 환급하는 등 조세행정의 일관성을 상실하고 납세자의 불편을 초래했다.

기획재정부 등이 법원 판결 및 조세심판원 결정과 달리 세법을 해석해 부실과세를 유발한 사례도 있었다.

기재부·국세청은 동일 쟁점으로 법원·조세심판원에서 반복적으로 패소하는 사건에 대해서는 세법 적용에 혼선이 없도록 세법해석을 정비할 필요가 있다.

그런데 법원이 과세관청의 세법해석과 다르게 판결하고 있는데도 기존 세법해석을 정비하지 않고 계속 유지하고 있어 쟁점사항에 대한 과세와 쟁송 제기가 반복되면서 세무행정에 혼선을 초래했다.

또 대구지방국세청은 체적 탈루혐의가 없는 납세자를 막연한 추측에 의해 조사대상으로 선정하는 등 비정기 선정업무를 부실하게 수행해 납세자의 권익을 침해했다.

한편 대전지방국세청은 2020년 3월 B공사에 대한 세무조사를 실시하면서 2020년 7월 2013년도 법인세 122억 원을 추징하고 2014~2018년도 법인세 196억 원을 환급했다.

그런데 대전지방국세청은 조사범위 확대절차를 거치지 않고 B공사가 2013년도 소득금액을 과소 신고한 것을 부정행위로 판단하면서 법인세 122억 원을 추징하는 등 납세자 권익을 침해했다.

대전청은 B공사의 경정청구를 통해 귀속시기를 변경할 경우 2012~2013년도 법인세 405억 원을 추징 가능했는데도 이를 제대로 확인하지 않은 채 세무조사로 2014~2018년도 법인세만 환급해 국고손실이 발생했다.

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