[단독] 국가전략기술 세액공제 99%가 반도체...이차전지·백신은?

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(고양=뉴스1) 신웅수 기자 = 5일 경기 고양시 킨텍스에서 열린 '나노코리아 2023'에서 부스를 둘러보는 관람객의 모습이 시스템 반도체용 웨이퍼에 비치고 있다. 오는 7일까지 열리는 이번 전시회에서는 반도체와 디스플레이, 배터리, 바이오 등 국가 전략산업분야 적용될 다양한 나노융합 제품과 기술을 만날 수 있다. 2023.7.5/뉴스1 Copyright (C) 뉴스1. All rights reserved. 무단 전재 및 재배포 금지.

국내 기업의 과학기술 투자에 대해 정부가 지원하는 세액공제 혜택의 절반 이상이 반도체 분야에 쏠린 것으로 나타났다. 국가 미래 성장력과 직결된 핵심기술에 대한 기업의 투자와 정부의 지원이 반도체에 집중돼 있다는 것으로, 다른 첨단기술 분야에 대한 균형잡힌 육성 전략도 필요하다는 지적이 나온다.

5일 국회 과학기술정보방송통신위원회 소속 이정문 더불어민주당 의원이 산업통상자원부 등으로부터 받은 자료에 따르면 최근 6년간 국내 기업이 '국가 전략기술'과 '신성장·원천기술'(원천기술) 분야 투자에 대한 세액공제를 받기 위해 정부에 신청한 전체 투자액은 약 27조9000억원이었다. 이 가운데 반도체 분야는 약 16조8000억원으로, 전체 투자액의 60%에 달했다.

특히 반도체가 속한 '국가전략기술' 분야에 한정해 살펴보면 반도체는 세액공제가 신청된 전체 투자액(17조원) 중 무려 98.5%에 달했다. 나머지 0.5%를 간신히 △이차전지 2447억원(1.4%) △백신 148억원(0.1%) 등이 나눠 갖는 구조다. 이외의 국가전략기술 분야인 디스플레이·수소·미래형 이동수단·바이오 의약품(백신 제외) 분야에 대한 투자 신청액은 없는 것으로 나타났다.

이 의원실 관계자는 "국가전략기술로 선정된 지 얼마 되지 않은 수소나 바이오 의약품 등 일부 분야의 경우 신청이 없거나 적을 수 있다"면서도 "해당 분야 투자가 세제 혜택을 받더라도 장기적으로 기업에 도움이 되지 않는다는 판단도 있었을 것"이라고 설명했다.

정부는 과거 R&D(연구개발)와 시설 투자에 대한 세액 공제를 일반 투자와 신성장·원천기술 투자로 차등 지원했다. 그러나 반도체 등을 둘러싼 글로벌 기술 패권과 공급망 경쟁이 심화하면서 2021년부터 '국가전략기술' 분야를 신설해 추가적인 세제지원을 하고 있다. 조세특례제한법에 따르면 올해 국가전략기술 사업화시설에 투자하는 기업은 관련 투자액의 25~35%의 세액공제를 받는다. 중소기업은 국가전략기술 세액공제 25%에 올해 한정으로 임시투자세액공제 10%를 더한 35%의 세액공제를 받는다. 대기업은 15%, 10%를 각각 적용받아 25%의 세액공제를 받는다. 올해 4월을 기준으로 국가전략기술은 △반도체 △이차전지 △백신 △디스플레이 △수소 △미래형 이동수단 △바이오 의약품 등 총 7개다.

(서울=뉴스1) 박세연 기자 = 이정문 더불어민주당 의원이 15일 오후 서울 여의도 국회에서 열린 정무위원회의 국민권익위원회, 국가보훈처 등에 대한 국정감사에서 질의를 하고 있다. 2020.10.15/뉴스1

현재는 국가 과학기술 지원을 담당하는 주무 부처인 과학기술정보통신부가 국가전략기술에 대한 지원체계에서 제 역할을 하지 못하는 구조다. 현행법상 국가전략기술을 선정하는 것은 사실상 기획재정부 소관이다. 국가전략기술은 기재부 소관의 조세특례제한법에서 규정한다. 과기정통부는 국가전략기술 지정 자체에는 관여할 수 없으나 국가전략기술에 특정 기술이 포함되는지를 판단하는 '연구개발세액공제기술심의위원회'(심의위)에 당연직으로 참여한다. 심의위는 기재부 장관과 산자부 장관이 공동 운영한다. 특정 과학기술에 대한 투자 쏠림현상을 해소하기 위해 과기정통부의 역할을 강화해야 한다는 지적이 나오는 이유다.

또 과기정통부가 관할하는 국가전략기술 육성방안이 국가전략기술 지원체계에 제대로 반영되지 못하고 있다는 비판도 나온다. 이 의원실 관계자는 "지난 9월22일부터 시행된 과기정통부 소관의 '국가전략기술 육성에 관한 특별법 시행령'도 △국가전략기술 선정·관리 △기본계획 수립 정도의 내용만 규정돼 있고 기업 지원의 핵심인 '조세특례제한법'과 연계된 조항은 없다"고 밝혔다.

이 의원은 "국가 미래 성장 동력 확보를 위해서는 반도체에만 의존하는 산업구조를 탈피해 국가전략기술 간 균형감 있는 육성 방안을 마련하는 것이 시급하다"며 "이에 과기정통부가 기재부·산자부와 공동으로 심의위를 운영하는 내용의 '조세특례제한법 개정안'을 발의했다"고 했다.

박상곤 기자 gonee@mt.co.kr 차현아 기자 chacha@mt.co.kr