국책연구 수행 중 기업 자체 부담금도 R&D 세액공제 받는다

기사내용 요약
국세청, 연구·인력개발비 세액공제 대상 사전 심사
홈택스·우편 등 제출서류 간소화…가이드라인 발간

【세종=뉴시스】세종시 정부세종2청사 국세청. 2019.09.03. ppkjm@newsis.com

[세종=뉴시스] 오종택 기자 = #1. 정부기관과 협약해 국책연구과제를 수행 중인 주식회사 A업체는 국가로부터 연구개발 국고보조금 10여억원을 수령했다. 이 과정에서 정부출연금을 제외하고 자체 부담한 연구개발비에 대해서는 세액공제를 받을 수 있는지 국세청에 사전심사를 신청했다.

국책연구과제를 수행하면서 사용하는 비용 중 민간이 부담한 연구·인력개발비가 세액공제 대상인지 여부를 심사한 결과 국가 등으로부터 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 경우 세액공제 대상에서 제외하고 있지만 기업 자체 부담금은 공제 가능하다고 인정됐다.

#2. 소프트웨어를 연구 개발 법인인 B업체는 연구전담부서를 등록 후 새로운 연구 과제를 수행했다. 이 과정에서 소프트웨어 비전공자이지만 관련 경력이 있는 연구원을 전담연구원으로 채용했는데 이에 대한 인건비를 연구·개발 세액공제 가능한 지 여부는 의문이었다.

국세청 사전심사 결과 해당 전담연구원은 전공과 무관하지만 소프트웨어 관련 경력과 함께 연구에 직접 참여한 것이 확인돼 세액공제 대상이 됐다.

25일 국세청에 따르면 정부는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발(R&D) 비용으로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제한다. 신성장·원천기술, 국가전략기술, 일반 R&D로 구분해 차등 지원한다.

R&D비 세액공제는 조세절감 효과가 큰 반면, 연구·인력개발 활동 여부나 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생한다. 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되면 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있다.

따라서 국세청은 R&D 비용 세액공제 대상 여부를 기업이 사전에 확인할 수 있도록 2020년부터 '사전심사 제도'를 운영하고 있다. 시행 첫 해 1547건이던 사전심사 신청 건수는 지난해 2332건으로 증가했다.

사전심사를 받으려는 기업은 신고기한 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청할 수 있다. 사전심사 결과에 따라 신고하면 감면사후관리 대상에서 제외된다. 추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택이 있다.

[세종=뉴시스] 국세청 연구·인력개발비 세액공제 대상 사전 심사 증명 서류. (자료=국세청 제공) *재판매 및 DB 금지

올해부터는 공제대상 증명 서류를 급여대장 등 10가지로 명확하게 규정하는 등 간소화하고 연구노트 작성방법을 국세청 누리집에 게재해 편리하게 신청할 수 있도록 했다.

지난 2년간 사전심사 결과를 바탕으로 이달 말에는 '연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인'을 발간해 세액공제 가능 여부를 보다 쉽게 판단할 수 있도록 할 예정이다.

국세청 관계자는 "기업이 결산을 마감하기 전이라도 지출 예정 비용 또는 여러 가지 연구과제 중 특정한 과제만 선별해 사전심사를 신청할 수도 있다"며 "가급적 2월에 미리 신청하면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있다"고 전했다.

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